瓦楞纸板水墨印刷工艺一般是先在瓦楞纸板生产线上生产瓦楞纸板，然后在瓦楞纸板上直接印刷，最后进行模切、粘箱等工序。在进行高档瓦楞纸板水墨印刷之前，必须谨慎选用瓦楞纸板面纸和印刷油墨。
为提高瓦楞纸板的印刷效果，瓦楞纸板面纸应选用涂布白板纸，其优势在于：厚度均匀，表面平整，具有较高的光泽度；在压印瞬间，涂布白板纸可以很好地吸收油墨；涂布白板纸黏合效果好，纤维交织能力强，几乎不存在掉粉、掉毛的弊病，因此可减少因掉粉而导致的图文污染现象以及擦版次数。
印刷油墨应选用水性油墨，这种油墨细度小且均匀，黏度低，可以顺利填充到网纹辊网穴中，并能分裂转移至印版表面，随后，在高档水墨印刷机轻压力的作用下，再次分裂转移至涂布白板纸表面，转移性、流平性好。同时，水性油墨的吸附能力强，且干固成膜后不溶于水，墨膜较薄，墨色鲜艳。
选用恰当的瓦楞纸板面纸和印刷油墨固然重要，但在实际操作过程中，仍需要注意以下事项，这样才能保证印品质量。
印刷色序的合理安排
印刷色序的安排是灵活多变的，这里主要介绍3个注意事项：①印刷色序尽量不要随意更换，否则可能会导致印刷效率和质量下降；②由于承印材料是瓦楞纸板，不得不考虑瓦楞纸板除尘不净的情况，因此大版面的墨色尽量不要在第一色组印刷，以免大量纸粉毛屑粘附在印版表面并影响印刷质量；③黑墨干燥速度慢，因此黑墨色组的下一个色组尽量不要安排大版面的浅色实地色组（如黄色），因为干燥速度较慢的黑墨很容易反印到黄色印版表面，然后随之转移到网纹辊表面，由于印版滚筒直径大于网纹辊直径，因此随着油墨的分裂转移，黄色印版表面的黑墨又会反印到下一张印品上形成鬼影。因此，若采用了黑–黄的印刷色序，必须频繁检测黑墨的干燥速度，一旦黑墨的干燥速度跟不上，可以采用表面带有温度的纸板进行印刷，从而在一定程度上加快黑墨的干燥速度。
在印刷某种产品时，印刷色序的安排是红–黄–黑–绿–蓝。其中部分绿色是需要叠印的，按照这种色序进行印刷，黄色与蓝色叠印效果较好，色相呈偏蓝的绿色（哪种颜色在后，叠印色相将突出哪种颜色）。
假如打样的样张色相发黄，一般会采取更换黄–蓝色序的措施，这样虽然叠印色相依然发黄，但叠印效果非常差。那么，能否更换油墨呢？油墨厂家在生产油墨时会按照印刷色序，使油墨的表面张力依次递减，当表面张力较大的黄墨叠印在表面张力较小的蓝墨上时，叠印效果就会变差。因此在不能更换油墨的情况下，印刷操作人员更换黄–蓝色序时，应降低黄墨的黏度、提高蓝墨的黏度（提高黄墨表面张力的同时，降低蓝墨表面张力），切记不能使用刚生产出来的瓦楞纸板进行印刷，因为过高的温度会降低油墨的表面张力。
油墨黏度、pH值的控制
在瓦楞纸板水墨印刷过程中，油墨黏度、pH值的控制非常重要。油墨黏度过高，会直接影响油墨的流动性，从而导致印品颜色深浅不一；油墨黏度过低，容易导致网点增大严重，印品颜色较浅。油墨pH值过高，油墨干燥速度就会变慢，印品容易产生拉花、蹭脏等弊病；油墨pH值过低，油墨干燥速度就会变快，容易导致干版、印品边缘有毛刺、擦版次数增加等质量问题。因此，在印刷过程中，要重视油墨黏度和pH值的变化，以保证印品色彩的稳定性。一般情况下，油墨黏度应控制在15～20秒，pH值应控制在8.5～9.5。
瓦楞纸板质量控制
瓦楞纸板的质量包括瓦楞纸板的含水率、平整度、挺度和表面清洁度等指标和内容，控制起来也比较复杂，这就需要在原纸采购与瓦楞纸板生产两方面加以控制，包括原纸的匹配、打胶工艺、张力调节、瓦楞纸板线生产速度等。如果瓦楞纸板含水量较高、原纸挺度较差，则水墨印刷容易发虚，而加大印刷压力则会压溃瓦楞，从而直接影响印品的套印精度。保持瓦楞纸板表面的清洁度可避免纸毛、纸片粘附在印版表面，以及转移到印品表面。
生产周期的调整
刚生产出来的瓦楞纸板是带有温度的，一般面纸表面的温度测量值能达到30℃以上，如果直接对这样的热纸板进行印刷，很容易出现干版等印刷质量问题。而且，生产出来的瓦楞纸板在进入印刷工序之前停滞时间的长短（即生产周期），也会对印刷质量造成影响。
另外，由于刚生产出来的瓦楞纸板的水分没有彻底挥发出来，瓦楞虽然已经成型，但还是较软，如果立刻投入印刷，会导致印刷效果发虚，叠印效果变差。只有将瓦楞纸板停滞一定时间（根据车间温湿度而定）后，随着水分的挥发，瓦楞具有了挺度，然后再投入印刷才最合理。需要注意的是，瓦楞纸板在冬季与夏季时的水分挥发速度是不同的，在低温低湿环境下，瓦楞纸板的水分挥发得较快，而在高温高湿环境下，瓦楞纸板的水分挥发得较慢。
以上两点因素的变化都会对瓦楞纸板的印刷质量造成一定影响，因此应根据季节变化对生产周期做适当的调整（一般，冬季生产周期缩短至2～4小时，夏季生产周期延长至5～8小时），如果生产周期调整不当，就会导致印品发虚、瓦楞压溃、抗压强度下降等弊病。
辅料的选择
光油可增加印品的光泽度、耐摩擦性和防水性，因此要想印刷出高质量的瓦楞纸板印品，在选择光油时应注意以下问题：①光油粒子大小。若光油粒子粗糙，很容易把印品的最后一色拖花，导致网点变形；若光油过于细腻，自动粘箱机就容易走纸不畅、打滑。②光油的干燥速度。若光油干燥速度过慢，则对墨膜的保护作用就会降低；若光油干燥速度过快，则会堵塞网纹辊网穴。③光油的清洁程度。不清洁或被油墨串色后的光油，压光后印品表面会产生朦胧发花的效果。④光油的防水性。这主要表现在瓦楞纸板印刷之后，在湿度较高的车间堆码保存时，若光油的防水性较差，因瓦楞纸板吸水，容易导致瓦楞纸板面与面粘连。
车间温湿度的控制
车间温度对油墨特性有直接影响，若瓦楞纸板在30℃以上的高温环境下进行印刷，会导致油墨黏度降低，流动性增强，刮刀刮墨不净，从而造成大面积漏墨现象，污染印品；同时，高温环境也会加快油墨和光油的干燥速度，易造成干版、糊版等印刷质量问题。若瓦楞纸板在15℃以下的低温条件下进行印刷，则会导致油墨变稠，印品干燥速度变慢，叠印效果变差，从而造成油墨蹭脏、拉花等弊病。因此，应合理控制车间温度，使瓦楞纸板在适当的温度范围内进行印刷生产。
另外，水墨印刷的环境湿度不宜过高，应控制在40%以下，这是因为瓦楞纸板纤维是亲水性物质，在高湿环境下易吸收水分，从而导致瓦楞纸板挺度下降，印刷质量发虚。因此，建议配置空调和加湿器，从而有效控制车间湿度。
旧墨的利用
在印刷过程中，纸张的细小杂质、油墨的固态小颗粒，会随着油墨的循环系统进入到墨桶中，因此印刷网目调印品最好不要使用旧墨，由于旧墨中氨类物质的挥发，其pH值会降低，干燥速度会加快。因此，在印刷实地时，若油墨干燥速度较慢，则可适当加入旧墨或直接使用旧墨，从而避免旧墨的浪费。
除以上注意事项外，印刷压力、套印精度、印版精度、设备保养等，也是影响瓦楞纸板印刷质量的重要因素，因此须在实际印刷生产中加以注意。