虽然本职工作很忙，但是我总把代表工作放在优先位置，尽心尽力履行好代表职责。人民选我当代表，是极大的荣誉，更是沉甸甸的责任，我决不能辜负人民对我的信任和期待。 作为国内外知名的生命科学家，王恩多的科研工作很忙，目前她承担着2项自然科学基金重点项目和1项科技部重大基础研究项目，指导着十名博士研究生，领导一个研究组，还经常要参加国家及研究所等各种评审和答辩会。“虽然本职工作很忙，但是我总把代表工作放在优先位置，尽心尽力履行好代表职责。”王恩多说，“人民选我当代表，是极大的荣誉，更是沉甸甸的责任，我决不能辜负人民对我的信任和期待。”
王恩多在2003年当选第十届全国人大代表，2008年又连任第十一届全国人大代表，她把科学研究的那份认真、细心和执着都用在代表履职上了。她说：“代表履职和科学研究有共通之处，那就是都要首先找出目前存在的问题，再通过了解大量背景、进行深入的调查研究，找到解决问题的方法，最后形成结论---代表议案、建议或者科学论文。做这两件事都要认认真真、一丝不苟。”
代表履职与本职工作相互促进
王恩多来自科研一线，同科研人员保持着密切的联系，她平时注意听取科研人员的意见，结合自己的调查研究，积极通过代表议案、建议等多种渠道将大家的想法反映到有关部门，促进我国科研体制的完善和科研水平的提高。
2008年，很多科研人员反映，国家自然科学基金委项目的资助强度每年都有提高，但是由于科研成本的增加，经费增长的速度赶不上科研成本的增加。一项“基金委”的面上项目平均经费为35万元/3年，但有些支出大幅度提高，如，2006年前美国的《生物的化学》（Journal of Biological Chemistry）投稿时不需要审稿费，而现在投稿时就需交60美金审稿费，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）2005年的基本版面费为570美金，而现在为2670美金，如果加上彩图数据一篇文章的版面费约为2.5-3万元人民币，一篇文章的发表费就占基金项目总额的7%，占一年经费的25-30%，研究生和临时雇工的劳务费近年也有较大幅度的增加。由于基金面上项目投资强度不够大，所带来负面影响是一项基金不足以全额支持一个项目的完成，所以科学家经常申请多项研究项目以支撑研究的进行和完成，申请经费、写年度报告、验收报告浪费了大量的时间和精力。于是，王恩多在当年全国人代会上提出了《增加国家自然科学基金委项目资助经费的建议》，建议增加国家自然科学基金委面上项目经费，每项至少要有50万元/3年的经费支持，保证科研人员能完成一项阶段性研究。由于王恩多和其他一些代表的建议和呼吁，从2011年起国家自然科学基金委的项目经费有了大幅度的提高，每项面上项目提高到80万元/4年，重点项目则由150万元/4年提高到300万元/5年。项目资助更符合科学研究的规律，节约了科研人员在写各种“报告”上花费的时间，能把更多的精力投入科学研究。
助力我国妇女事业发展
王恩多兼任全国妇联执行委员和上海市女科学家联谊会的理事长，平常与上海市妇联和基层妇女组织保持着紧密的沟通，一直很关注我国的妇女事业。
作为中国科学院的女院士，她注意到中科院女院士仅占院士的5%，而发达国家这一比例要高得多，影响我国女性知识分子发展的瓶颈在何处？王恩多在上海市妇联、中国科学院上海分院和上海生命科学院妇委会作了仔细的调研，得知截止2011年11月份上海分院有女研究员105名，其中有许多是近十年从国外引进的人才，还有女副研究员241人。但是，男性60岁退休、女性55岁退休的规定对女性高级知识分子不公平，导致女性人才发展受限，难以充分发挥作用，是对女性人才的很大浪费。在反复思考的基础上，王恩多在2012年提出《建议制定‘高级知识分子男女同龄退休’的政策》的代表建议，同时在全国人代会全团讨论上作了“人才辈出，人尽其才，才尽其用，为国家创新能力的提升作贡献”的主题发言，建议实行脑力劳动者男女同龄退休，从而更好体现我国男女平等的基本国策，也给女性高级知识分子更大的发展空间，使得女性高级知识分子能够在国家科技进步和创新需要强大人才队伍支撑的新形势下人尽其才，才尽其用。王恩多的意见和建议得到了有关领导和部门的积极回应，国家人力资源和社会保障部的有关领导还亲自约见她沟通情况。
尽心履职科学履职
担任本届全国人大代表五年来，王恩多提出了关于“提高烟草制品税率”和“制定《吸烟控制法》”等2件议案，以及《对基础研究项目经费管理的意见和建议》等代表建议21件，每件议案和建议都凝聚了王恩多大量的智慧和心血。提出每份议案和建议前，王恩多都要认真翻阅有关法律、政策等信息资料，深入到基层和实际进行调查研究，广泛听取群众和有关部门的意见和建议，同时结合自己的思考，深思熟虑、反复修改、精益求精，力争提出的每一项建议都具有针对性、科学性和现实可行性。因此，王恩多提交的议案和建议大都受到全国人大和相关承办部门的重视和采纳。
王恩多的这份认真还充分体现在审议全国人代会的各项报告和议案上。每年她都会像研读科学论文那样审议全国人大的各项报告和议案，尤其是在大会上不宣读的国家和地方预算报告中有关科技方面的数字，每一项数据都会仔细看过，并在会议审议时大胆提出自己的意见和建议。2009年在审议财政预算时，她发现科技部总的经费是198.1亿，但是其中‘其他支出’是69.5亿，占了总支出的1/3。在小组审议会上王恩多提出质疑：“这个‘其他支出’到底包括哪些部分，这个钱怎么用法，这个‘其他支出’含义不明确。”同时她提出，尽管我国目前基础研究费用逐年增加，但整个科学研究费用占GDP的总量只有1.49%，而其他发展中国家都是2%以上。现在强调自主创新，而其投入却不及其他发展中国家，比例显得有点低了。在场的中国青年报记者在《超越炮手的参政议政新风》一文中称赞王恩多代表是瞄准具体审议目标的“精准炮手”。评论道，“如果把直陈宏观层面弊端的代表称为‘炮手’，那么可以把针对具体问题刨根问底的代表称为‘精准炮手’。‘精准炮手’质疑、发问、锱铢必较，对政府有关部门解决问题更具针对价值。而且，‘精准炮手’代表所瞄准的问题具体，也使有关部门几乎不能躲闪，而必须在一路追问中给出具体解释或者答复，最终达到以小见大、以点见面的参政议政目的。从这个意义上说，‘精准炮手’代表比‘炮手’代表更细致、更进步了一些。”看到中青报上刊发的文章，王恩多谦虚地说：“我只不过是做了一个人大代表应该做的事情而已。”
时光荏苒，十一届全国人大代表的任期已近尾声。回望近十年来全国人大代表的履职历程，王恩多由衷地说，“虽然我在科学研究本职工作外，花费了很多时间和精力来履行全国人大代表的职责，但能为国家和人民做点事，我感到很光荣。”