在当前的市场经济条件下，医院为达到经济效益和社会效益双赢的目标，必须建立相适应的成本核算制度。目前医院取得的大部分收入都是依靠医院收取治疗费及药品进销差价来取得。尤其近期公布的公立医院改革方案，取消药品零差价已经成了未来医院改革发展的方向，医院的收入来源更加受到限制。医院实现经济效益无非是从两方面入手，即增加收入和降低成本。收入来源受到限制，医院就要建立成本核算制度，降低医院各项成本，从而促进医院长远发展。一个成熟的成本核算制度对医院的发展起着至关重要的作用，可以提高医院的经济管理水平，促进医院长远发展。
建立成本核算体系，我们必须从以下几方面入手：
一：将成本控制作为医院的生存之本，明确强调成本核算对于医院发展起着至关重要的作用，医院领导层必须首先加以重视，并向本院职工贯彻落实成本核算制度。
在当今市场经济条件下，各行各业的发展都需要分配相应比例的经济资源，因为经济资源的有限性，所以医院必须充分利用自身占有的经济资源，使其发挥最大的作用，以促进医院医疗成本的降低，使医院一直立于不败之地。为此，必须将成本核算贯穿到医院的各个领域，并把医院低成本意识渗透到每个职工，从每个职工的自身做起，将医院做大做强。
（1）加强医院资产保护，制定相应的资产保护制度，不浪费医院的任何资源，并防止医院职工对资产贪污挪用问题的发生。将医院各项资产进行详细登记，并给每项资产不同的编码，以备今后清查；定期进行资产清查，找出资产账面与实物之间的差别，并分析原因，择期进行整改；对于重要的资产设立回避制度，例如现金与有价证券业务，不能让无关人员接近。防止发生资产损失的危险。
（2）各科室根据自己的业务特点，制定各种卫生材料的消耗定额，严格执行定额管理。如遇特殊情况，必须经医院领导审批之后，再予调整。从而让成本控制有据可查，最大限度的降低成本。例如：根据测算，阑尾炎手术需要消耗多少卫生材料，医院给予制定。外科根据每月的手术例数，就有了材料消耗限额，最终医院以此来考核，并根据结果进行奖惩，从而使职工自觉地领用各种材料，从整体上降低材料消耗，以降低成本。
二：整理医院基础数据，掌握构成医院成本的不同特点，针对各种分类的不同，分别采取不同的措施加以改进。例如医院的房租，水电费，人员工资，设备折旧等，并不因为医院业务收入的多少而发生变化。此类的成本控制就必须从源头抓起，医院的领导层必须根据医院的实际情况安排自己的资本性支出，不能与自己的业务水平背道而驰，那将会制约医院的发展；再如卫生材料，化学试剂，低值易耗品，药品等，随着医院业务收入的多少而发生相应的变化，医院必须建立成本预算制度，并建立医院内部各类消耗的定额，根据业务量的发展水平相应的得出应该付出的成本，为各科的成本提供数据支持。医院还要掌握哪些成本是可控的，哪些成本是不可控的。某一部门或某一个人通过自己的行动能有效的影响一项成本的数额，那么这就是可以控制的成本。与此相反的，即为不可控成本，两者是相对的。对于可控成本，我们必须积极应对，想办法降低成本。
三：建立医院全成本控制流程：
1、成立医院成本核算管理领导小组，加强管理工作。
领导小组成员由下列人员组成：
院长，党支部书记，业务副院长，财务科科长。
工作小组成员由下列人员组成：
财务科财产会计，药品会计；医务科主任，护理部主任；办公室主任，后勤科科长，物资管理人员；各临床科室负责人；各医技科室负责人。
领导小组是成本核算的牵头部门，他们是成本核算的领军人物，他们要积极建立一套成本核算体系，将全院职工都纳入到成本核算体系中来，让每个职工都成为成本核算的主体，做到全体总动员，将降低成本的概念深入到每个职工心里。
医院各个临床科室，医技科室，医辅科室和行政后勤科室等，要对成本费用实行归口管理。各业务科室、信息科、物资管理部门应配合做好基础资料的统计编报工作。
2、完善成本核算的基础工作，积极进行电算化管理，提高医院成本核算效率和效果。
加强医院信息化建设，首先加强计算机系统的硬件建设，医院要加大资金支持力度，给相关科室配备局域网的计算机设备，加快成本核算数据的传递速度，提高成本核算传递效率。其次，与国内先进的软件开发商合作，引进先进的成本核算软件，并根据医院自身情况，不断完善成本核算软件，使其更好地为医院的成本核算提供强有力的保障。良好的电算化管理，能够给医院快速准确的提供成本数据，并根据数据形成的相关图表，找出医院存在的问题，以不断完善成本核算制度。
3、确定医院成本核算的对象和目的
（一）确定存在于医院的各项成本，包括会计系统提供的医院共同消耗的各种水，电，煤，暖气，招待费，房租，内部服务等，确定此项成本的目的是在保证医疗业务质量的前提下，努力降低费用消耗，节约使用人、财、物，以减少病人经济负担，提高医院竞争力。
（二）确定科室成本。以各科室为具体核算单位，对业务活动中的各项消耗，通过记录、计算、对比、分析，力求用较少的劳动和物资消耗，换取较大的经济效果，达到明确经济责任，开源节流的目的。
（三）确定项目成本。根据医院管理需要，对医院的各个项目制定不同的消耗定额，根据定额严格控制各个项目成本，开展成本核算，达到较为全面、较为有效地控制成本的目的。这要求医院首先必须明确医院存在的医疗项目的数量，并根据项目的运行费用制定出不同等级的消耗定额，并随着业务的发展，定额也要调整。
4、制定医院成本核算的基本原则，为成本核算指出明确的方向。
（一）历史成本计价原则。是指医院在医疗业务活动中的各项消耗都要按照实际发生的成本进行计价，不能按照重置成本加以计量，这确保了成本计量的统一口径。
（二）重要性原则。成本核算要将成本事项按其重要程度划分为重要事项和次要事项两种，医院针对本院经济运行情况，将事项给予划分。对于重要性事项，必须逐项给予反映。对于次要事项，在不违背成本真实性原则的基础上可简化处理。 （三）分期核算原则。为了方便的获取医院的经营结果，并方便与以前期间进行对比，会计信息系统，人为地被划分为会计区间。成本核算也要遵循分期核算的原则，合理的确定会计区间的医院成本，为医院决策者提供数据支持。
（四）权责发生制原则。这是会计核算的基本内容。会计计量必须以实际业务的发生为标准，在本期应该确认的收入和费用，即使没有收取款项，也得在本期给予确认。例如住院病人每天发生的医疗费，即使病人没有出院，此项也应作为医院当期的住院收入。
5、加强医院会计信息系统的建立，让会计报表子系统为成本核算提供基本保障。会计信息系统的建立，必须首先有独立的会计机构，并在会计机构中设立专职的成本核算会计，让会计子系统更好的服务于医院整体的经济环境。会计机构必须根据职责权限，设立不同的岗位人员，规定各类会计人员的会计职责并形成制度，防止财务工作者的舞弊行为。制定一套会计信息传递系统，从原始凭证、记账凭证、会计账簿登录、会计报表形成执行统一的行业标准，并有一系列的制约措施，以保证会计信息的真实可靠。加强会计系统内部牵制制度，不相容岗位必须分离，以防止贪污行为的发生，损害医院的整体利益。经过会计系统数据的真实传递，成本核算数据来源才能真实可靠，各个科室成本界定才能更加完整，成本核算工作才能真正达到效果。编制成本分析报告，根据既定目标考核科室成本情况，并进行信息反馈。
四：为使医院成本控制得到有效保障，应注意以下几点：
1、加强制度建设，为成本核算保驾护航 。
每个部门，都建立相应的控制制度。医院并对其实行监督，并实行奖励政策，如遇与上月费用节省的情况，可从节省部分提取一定的比例来奖励该部门。
2、各科室领用耗材实行限额控制。首先要有领用计划，领用金额可以根据上一年度各科室领用耗材的金额上浮一定的百分比，物资部门一定严格按照科室的领用计划发出物资，如遇特殊情况，说明原因，在合理的范围内调整领用限额。对于无理由超支情况，一律给予拒绝。
3、加强医院文化建设，向职工传达积极向上勤俭持家积极向上的文化理念。医院的发展，最终需要医院职工的努力工作来实现。培养职工的主人翁责任感，让职工真正的把医院当做自己的家，对于医院的发展至关重要。一名优秀的员工，要有责任心和主人心，即主人翁意识，主人翁意识就是将公家的事当成自己的事去完成，将公家的东西当成自己的东西去爱护去节约。