基于网络药理学、分子对接和代谢组学研究鸡血藤抗AS药效与机制

方晓燕,李保生,黎飚,周柳芳,卢国康,彭静静,王金花,杨彩艳,3

(1. 广西壮族自治区中药体内药物化学数据库建设与应用工程研究中心,广西 百色 533000;
2. 广西壮族自治区药用植物园,广西 南宁 530023;
3. 右江民族医学院药学院,广西 百色 533000)

心脑血管疾病(cardio-cerebrovascular disease,CCD)是心血管疾病和脑血管疾病的总称,通常指由高血压、高血脂、高黏血和动脉粥样硬化等导致的心脏、大脑和全身组织缺血性和出血性疾病[1]。动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)是CCD主要的病理和致死因素,全球仅由冠状动脉粥样硬化疾病(coronary artery disease,CAD)导致的疾病致死率大约为31%[2-3]。代谢综合征尤其是脂质代谢改变在肥胖导致的CAD发生和发展过程中扮演着重要的角色[4]。鞘脂(sphingolipids)属于组成细胞膜主要成分的一类脂质,其种类和含量受各种酶的活性、不同基质的可用程度影响,其中一些鞘脂还受到AS、Ⅱ型糖尿病、肥胖等疾病病理过程影响[5-6]。鞘氨醇-1-磷酸酯(sphingosine-1-phophate,S1P)作为一种具有生物活性的鞘脂控制如应激反应、稳态和细胞生长等细胞功能的多样性,因此sphingolipid/S1P信号通路在AS发生、发展、预防和治疗中更是具有重要的作用[7-8]。

中药鸡血藤(spatholobus suberectus,spatholobus parviflorus,butea suberecta) 属于豆科密花豆属密花豆的根和茎,被广泛用于治疗贫血、月经病和CCD等多种与血虚、血瘀中医证候相关的疾病[9-11]。之前药理学研究成果表明鸡血藤提取物通过回调COX-1(cyclooxygenase-1)、5-LO(5-lipoxygenase)、PLA2(phospholipase A2)和12-LO(12-lipoxygenase)的表达差异而具有抗炎药效,通过降低由NMDA诱发兴奋性毒性损伤凋亡细胞数量保护神经元,同时还具有活血化瘀的药效[12-15]。目前较少有研究鸡血藤防治AS及并发症药效机制的报道。《皇帝内经》曰上医治未病、中医治欲病、下医治己病即医术最高明的医生并不是擅长治病的人,而是能够预防疾病的人,预防药效及其机制吸引了越来越多中药研究者的兴趣;
作为CCD主要病理特征,AS早期病变主要与脂质过度吸收有关,此外根据中医胖者多虚理论和临床实践过食肥甘厚味会影响运动功能;
因此本文中使用高脂诱导的AS家兔研究鸡血藤预防AS及少肌症药效并基于网络药理学和代谢组学阐明其药效机制和药效物质,为后续深入研究和开发鸡血藤提供科学实验基础。

1.1 仪器与试剂 代谢组学实验委托给上海中科新生命生物科技有限公司使用超高效液相色谱仪(UPLC,Agilent 1290 Infinity LC,Agilent)-高分辨质谱(Q-TOF-MS,AB Triple TOF 6600,AB SCIEX)在25 ℃下完成。高分辨质谱配有电喷雾离子源(ESI),超高效液相色谱仪配置有色谱柱(Waters,ACQUITY UPLC BEH Amide 1.7 μM,2.1 mm×100 mm column;
Waters,ACQUITY UPLC HSS T3 1.8 μM,2.1 mm×100 mm column)以及低温高速离心机(Eppendorf5430R)。全自动化分析仪(7600-020,Hitachi),自动锥板式血液流变分析仪(SA9000,Beijing Succeeder Technology Inc.,Beijing,China),数码生物显微镜(Motic BA210,麦克奥迪公司) 和虚拟扫描切片系统(Motic BA600,麦克奥迪公司)。

1.2 药材和剂量 鸡血藤于2019年3月16日购自百色市正阳药店,药材样本(编号2019-03-16) 存放于右江民族医学院杨彩艳课题组。高脂饲料由课题组自制获得,其配方为胆固醇-猪油-蛋黄-基础饲料(1∶8∶4∶87)[16]。新西兰家兔 (雌雄各半,体重2.00~2.50 kg,月龄4.5个月,质量合格证编号:0008757)由广西田东隆祥兔业有限公司提供(医学伦理审查批号:2019030105)。胆固醇(编号:531F102,Beijing Solarbio Co. Ltd.),总胆固醇(TC,编号:201012),甘油三酯(TG,编号:201020),低密度脂蛋白(LDL-C,编号:200928)和高密度脂蛋白(HDL-C,编号:200928)由麦克生物股份有限公司提供,超氧化物歧化酶(SOD,编号:20010910228,美康科技生物股份有限公司),乌拉坦 (ethyl carbamate,编号:HY1223-500g)购自上海恒远生物科技有限公司。血脂康 (批号:20201201) 为北大维信生物科技有限公司生产。“痹病药膳方”组成鸡血藤25 g、土茯苓25 g、猪腿骨500 g,确定成人单味服用鸡血藤中等剂量为75 g生药量/天[17]。换算成兔子剂量是3.5 g/(d·kg),药材提取浸膏率为12%,因此0.21 g/(d·kg)、0.42 g/(d·kg)和 0.84 g/(d·kg)被分别用于低、中、高剂量进行试验,血脂康组剂量为生药量0.36 g/(d·kg)。

1.3 提取和药效评价 干燥鸡血藤 (25 kg)依次使用乙醇-水 (90∶10,50∶50和5∶95) 在室温下浸提 (3次/梯度,72小时/次)。所有提取液混合并减压浓缩干燥获得3 000 g 颗粒状浸膏。对48只兔子给予基础饲料饲养1周后随机分成正常组、模型组、血脂康组及鸡血藤低、中和高三个剂量组(每组均为雌雄各半)。每周测1次体重,正常组饮食基础饲料,其它组饮食高脂饲料,鸡血藤低、中和高剂量组额外分别按0.21 g/(d·kg)、0.42 g/(d·kg)和0.84 g/(d·kg)提取物口服给药,单笼饲养,连续给药60 d。

实验结束后所有兔子禁食不禁水12 h,使用5 mL肝素钠采血管(每管外加0.4 mL 0.1 mg/mL肝素钠)耳缘静脉采血用于血脂组成、血液流变学和SOD含量实验。耳缘静脉采血结束后从耳缘静脉注射乌拉坦-水(20%,w/v;

4 mL/kg)麻醉,从颈动脉采集血用于代谢组学分析,取主动脉弓和比目鱼肌用于病理形态分析。

1.4 代谢组学分析 所有血清样本从-80 ℃冰箱中取出后均在4 ℃中缓慢溶解,每个样本取100 μL加入400 μL甲醇-乙腈 (1∶1,v/v)后涡旋60 s,涡旋后样本置于-20 ℃中1 h、在14 000 r/min下离心10 min沉淀蛋白质。上清液经0.22 μM滤膜过滤后取0.2 μL经UPLC-Q-TOF-MS分析(柱温25 ℃,自动进样器温度4 ℃,流速0.3 mL/min)。

洗脱剂A-B(A为25 mM乙酸铵与25 mM氨的水溶液,B为乙腈)0~0.5 min为5∶95、0.5~7 min从5∶95匀速变化至35∶65、7~8 min从35∶65变至60∶40、8~9 min为60∶40、9~9.1 min从60∶40变化至5∶95及9.1~12 min为5∶95(v/v)。质谱分析使用阳离子和阴离子两种模式,参数设置如下:气体温度为250 ℃、干燥气流速度为161/min、喷雾器为20 psig、鞘层气体温度为400 ℃、鞘层气体流速为121/min、vcap为3000 V、喷嘴电压为0 V、碎片电压175 V、质量范围为50~1200、采集速度为4 Hz和循环时间为250 ms。

1.5 网络药理学和分子对接研究及构建药效代谢差异物-抗AS相关靶点等相关网络构建 从OMIM (https://omim.org)、DisGeNET (http://www.disgenet.org)和GeneCards(https://www.genecards.org)数据库获取AS疾病差异基因即药物治疗潜在药效靶点。从TCMSP (http://tcmspw.com/tcmsp.php) 和DrugBank (http://www.drug.bank.ca/)数据库获取鸡血藤化合物、药材靶点、化合物靶点信息,对化合物进行ADME (oral bioavailability,OB≥30%;
drug-likeness,DL≥0.18)筛选,进一步获得潜在药效物质和其靶点信息。在GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)查找与AS疾病相关的转录组学实验基因芯片,获得更为确切的AS疾病差异表达基因(P≤0.05)即潜在药效靶点。应用OmicShare数据库构建OMIM、DisGeNET和GeneCards数据库及鸡血藤药效靶点子集获得鸡血藤抗AS药效靶点;
进一步应用OmicShare数据库构建鸡血藤抗AS药效靶点与基因芯片获得的差异表达基因子集,子集靶点作为重点关注的基因即更潜在药效靶点。运用KEGG通路衍射(https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html)分析获得关键的信号通路,STRING(https://string-db.org)和GeneMANIA(http://genemania.org)数据库和Cytoscape软件构建靶点-靶点、靶点-化合物-基因芯片关系网络、靶点-代谢物、代谢物-代谢物等相关关系网络[18-19]。运用AMBER 18和PyMol 2.5软件,Auto-Dock Vina 1.2及一些辅助技术进行分子对接模拟研究。

2.1 鸡血藤对家兔的药效

2.1.1 鸡血藤对AS家兔SOD、体重和血脂水平的影响结果 从表1可知所有家兔的体重均增加,和正常组与模型组相比,除低剂量组在30 d及中剂量组外差异不具有统计意义;
这提示高脂饮食并没有导致家兔体重显著增加,适当的鸡血藤用量能促进其增加。各组间SOD含量差异不明显(P>0.05),这意味着高脂饮食并没有导致4.5月龄家兔的SOD水平发生异常变化。鸡血藤提取物各项脂质数据见表1。与正常组比较,模型组能明显 (P<0.05)增加血浆中TG、TC、LDL-C和HDL-C水平,除高剂量组中HDL-C在30 d之外血脂康组和鸡血藤各组中TG、TC、LDL-C和HDL-C水平均高于正常组但低于模型组;
此外,和模型组相比,除30 d时HDL-C外,血脂康组和鸡血藤各组大部分差异都具有统计意义。除HDL-C外,血脂康各项指标比鸡血藤各组更接近正常组;
在60 d时除LDL-C外中剂量组和高剂量组其余各项指标比低剂量组更接近正常组,但与低剂量组相比只有30 d时LDL-C、HDL-C及TC差异具有统计学意义;
中剂量组和高剂量组之间的差异不明显。以上结果表明鸡血藤和血脂康具有降血脂的药效,使用鸡血藤最佳的剂量可能是 0.42 g/(d·kg),血脂康降血脂作用比鸡血藤强。

表1 鸡血藤对AS家兔SOD、体重和血脂水平影响

表1(续) 鸡血藤对AS家兔SOD、体重和血脂水平影响

2.1.2 鸡血藤对AS家兔血液流变学的影响结果 与正常组相比,除60 d时血浆黏度外模型组各项指标均明显增加(P<0.05),各实验组大部分数据值也明显增大(P<0.05)。与模型组相比,血脂康组各项数据均明显降低,接近于正常组;
对低剂量组而言只有30 d时红细胞聚集指数明显降低(P<0.01),除30 d时全血黏度(200.00 s-1)外中剂量组和高剂量组的各项数据均明显降低(P<0.05)。与低剂量组相比,高剂量组和中剂量组的数据更接近正常组,与低剂量组之间的差异具有统计学意义。中剂量组和高剂量组之间的差异不明显。以上的结果表明血脂康和鸡血藤乙醇-水提取物均具有改善血液流变学的药效,鸡血藤最佳剂量可能是0.42 g/(d·kg),鸡血藤药效弱于血脂康。见表2。

表2 鸡血藤对AS家兔血液流变学影响结果

表2(续) 鸡血藤对AS家兔血液流变学影响结果

2.1.3 形态学结果 主动脉弓形态学变化见图1,正常组血管内膜边界非常清楚且在血管内膜表面没有发现脂质条纹;
模型组血管内膜表面脂质条纹非常明显,内膜变厚、内弹力膜消失。血脂康组不如正常组光滑完整,内皮细胞的排列也不如正常组规律但其程度都明显比模型组轻。低剂量组、高剂量组形态改变与模型组相似但血管内膜边界比模型组清晰,中剂量组内膜上脂质条纹消失;
血脂康组和鸡血藤各剂量组内膜厚度、粥样斑块面积、内膜与中膜厚度比值都介于正常组和模型组之间,中剂量组比低剂量组和高剂量组值小,中剂量组比血脂康组大(见表1)[19];
以上的结果表明鸡血藤乙醇-水提取物能阻止因高脂饮食诱导的脂质在家兔血管内壁聚集导致的AS疾病,最佳的剂量为0.42 g/(d·kg),其药效比血脂康弱。比目鱼肌形态学变化见图2,和正常组相比,模型组肌肉内部裂纹明显比正常组增大,肌肉的横截面积比正常组明显减小,血脂康组鸡血藤组中剂量组肌肉横截面积接近正常组,鸡血藤中剂量组比正常组略大;
说明鸡血藤在剂量为0.42 g/(d·kg)时能有效预防高脂饮食对比目鱼肌即运动功能的损害,其药效比血脂康略强。

2.2 代谢组学研究 研究AS家兔血清代谢组学,从而研究鸡血藤预防AS药效机制。质量控制(QC)样品UPLC-Q-TOF-MS总离子流图表明各色谱峰的保留时间和响应强度重叠都很好,因此整个实验过程中仪器误差引起的变化较小。XCMS软件在阳离子和阴离子模式下分别提取到11 489和8 516个离子峰。利用UPLC-Q-TOF-MS 数据建立主成分分析(PCA)模型识别正常组、模型组和中剂量组之间整体性差异(见图3和表3),结果表明正离子模式组间的聚类系数要高于负离子模式。以上结果表明正离子模式比负离子

图1 鸡血藤对AS家兔主动脉弓病理形态学研究结果(10×)

注:鸡血藤组为中剂量,柱状图纵坐标为横截面积,A、B和C对应正常组、模型组和鸡血藤组(20×)。图2 鸡血藤对AS家兔比目鱼肌病理形态学研究结果

模式具有更高的可信度和优化度,因此下文中关于代谢组学的研究、讨论都是基于正离子模式。得分图表明中剂量组和模型组能从正常组中分离聚类,中剂量组也能从模型组中分离聚类。此外,偏最小二乘回归(PLS-DA)和正交偏最小二乘辨别分析(OPLS-DA)被用来鉴别三组中差异代谢物(见表3),所有R2Y值都高于 0.9 cum、所有Q2值都高于0.50 cum,这个结果表明模型是稳定可靠的。分别从模型组与正常组、中剂量组与模型组及中剂量组与正常组之间鉴别出37、43和36差异代谢物(P<0.05),22 个代谢差异物被确定为药效代谢差异物。通过MetaboAnalyst 5.0软件对药效代谢差异物进行代谢通路富集分析阐明关键的代谢通路。如图4所示,鸡血藤药效代谢差异物主要参与histidine、sphingolipid、arginine和proline以及glycine、serine和 threonine代谢,代谢异常主要表现在脂质和氨基酸代谢。这个结果表明鸡血藤提取物代谢机制主要调节脂质和氨基酸代谢紊乱。Sphingomyelin、sphingosine 和sphinganine参与糖鞘脂(sphingolipid)通路代谢,creatine、creatinine、L-proline及D-proline参与精氨酸-脯氨酸(arginine and proline)通路代谢,L-histidine、histamine和4-imidazoleacetic acid参与组氨酸(histidine)通路代谢(见图4)。

以上结果表明sphingomyelin、sphingosine、sphinganine、creatine、creatinine、L-proline、D-proline,L-histidine、histamine和4-imidazoleacetic acid 可被认为是潜在的药效代谢标志物。

注:MD、CT和EJ分别代表模型组、正常组和中剂量组,左、右图分别为阳、阴离子模式。图3 PCA得分图

表3 多元统计分析中R2X、R2Y值Q2

图4 MetaboAnalyst 5.0 对药效代谢差异物进行富集分析图

2.3 网络药理学分析 通过使用KEGG数据库 (https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html)将基因和代谢差异物进行衍射分析和Cytoscape软件构建代谢差异物网络可以将网络药理学和代谢组学研究结果融合、相互印证,更准确地阐明中药防治疾病药效机制。从TCMSP和DrugBank数据库收集到23个潜在药效物质 (OB≥30%和DL≥0.18)及135 个潜在药效物质对应的靶点,300个鸡血藤药材靶点;
分别从DisGeNET、GeneCards和OMIM-Gene数据库获得2044、4481和228个AS疾病差异表达基因;
通过OmicShare数据库构建疾病差异表达基因和鸡血藤潜在药效靶点子集获得114个潜在鸡血藤抗AS药效靶点。在GEO数据库中找到包含12个CAD患者和4个健康人内皮祖细胞样本的基因芯片集GS-E18608,包含3个严重肥胖患者和3正常人脂肪干细胞样本的芯片集GSE48964,包含13个健康人和18个CAD患者T细胞样本、13个健康人和18个CAD患者单核细胞样本和剩余单核细胞 (rest monocytes)及11个健康人和12个CAD患者干细胞样本的基因芯片集GSE9820。应用 OmicShare数据库构建这些基因芯片集差异表达基因(P≤0.05)与鸡血藤抗AS药效靶点子集,分别获得鸡血藤与GSE18608、GSE48964和GSE9820子集数目分别为7、11和38个。

运用KEGG 数据库将网络药理学获得的潜在药效靶点和代谢差异物进行通路衍射分析获得重要的信号通路,利用STRING和GeneMANIA数据库及Cytoscape软件构建靶点-靶点、靶点-化合物-基因芯片及靶点-代谢物相关关系网络(见图5~图7)。结果表明有10个鸡血藤抗AS靶点其中有8个为重点关注即潜在药效基因和3个药效代谢差异物(sphinganine,sphingomyelin and sphingosine)作用于sphingolipid信号通路,且半数以上这些靶点的连接度相对都较大;
此外,代谢组学研究结果(见图4)表明鞘脂(sphingolipid)代谢在鸡血藤发挥药效的代谢通路中的重要性仅次于组氨酸(histidine)代谢;
这就暗示sphingolipid信号通路是鸡血藤防治AS药效机制中非常重要的一条信号通路。此外有23个鸡血藤抗AS靶点,其中16个为重点关注即更潜在药效基因作用于脂质-AS(lipid and atherosclerosis)信号通路且大多数靶点的连接度都较大,这些靶点大多都作用于LOX-1/Src和LOX-1/AKT这两个子通路上,这就提示脂质-AS信号通路中LOX-1/Src和LOX-1/AKT是其重要的子信号通路;
MAPK1、MAPK14、AKT1、TP53、STAT3、CASP3、CASP3、MMP9和JUN是其潜在的、重要的靶点。运用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络(见图7),结果显示木犀草素、芒柄花素、钩藤酮A、8-O-methylreyusi、豆甾醇、驴食草酚、β-谷甾醇、psi-baptigenin和常春藤皂苷元在关系网络中连接度较大,是鸡血藤潜在关键药效物质。

注:深红色、浅红色和灰色节点表示代谢差异物、代谢差异物的邻居和连接两个随机节点的催化酶。图5 鸡血藤提取物抗AS代谢网络

注:节点的大小与连接度成正比。绿色、红色、蓝色和黑色字体节点分别为基因芯片GSE18608、GSE9820、GSE48964和其他的靶点,绿色、粉色、紫色和黄色节点分别为作用于脂质-动脉粥样硬化、鞘脂,同时作用于两个信号通路及其他信号通路的靶点。

注:椭圆、钻石、V和三角形节点分别为靶点、化合物、器官和基因芯片,红、绿、紫和黄色节点分别作用于鞘脂、脂质-AS、两个信号通路及其它信号通路靶点,节点大小与连接度成正比。

2.4 分子对接验证 根据网络药理学研究结果,根据潜在靶点和药效成分连接度及潜在药效物质的结构选择重要的药效成分luteolin、aloe-emodin、Formononetin、vestitol、naringenin、psi-Baptigenin和3,9-di-O-methylnissolin及其连接的重要靶点进行验证,结果如表5和图8。表明luteolin、 aloe-emodin、Formononetin、vestitol、naringenin是鸡血藤作用于AS结合较好的药效物质, MAPK14、TP53、CASP3、JUN、MMP9和IL6是鸡血藤作用于AS较好的药效靶点,脂质-AS和鞘脂是其重要的信号通路。

表4 潜在关键靶点和药效成分分子对接模拟结果

图8 鸡血藤潜在重要药效物质和药效靶点分子对接结果

鸡血藤因其具有活血补血作用而被广泛应用于临床,AS作为中医临床中最为典型的血瘀证型而被普遍用于中药活血药效研究。AS的病理病因并不十分清楚,但高脂血、高黏血、高血压和炎症是其主要的病因[20]。另外长期饮食肥甘厚味食物常常会同时诱发上述多种疾病,这也是近二十年来CCD发病率急速升高的重要原因。因此高脂诱导的AS家兔模型被本文用来研究鸡血藤提取物的药效及作用机制。

本实验中,组间体重差异并不明显可能是由于家兔的月龄较低尚未完全发育成熟所致,中剂量组体重增加最为明显的可能是适量服用鸡血藤能通过活血作用促进营养物质的吸收和分布。AS的每一个阶段都卷入炎症,炎症免疫通路与滤泡树突细胞、Treg、Th1和Th17细胞凋亡及几种氧化机制和促血管生成因子相关[21]。近年有研究表明CAD致死率与HDL-C水平之间存在“U”关系,这就表明过低或过高的HDL-C水平都会导致冠心病的死亡率增加;
然而大量的临床数据和研究都表明HDL-C在炎症、氧化应激、凋亡蛋白质和血栓形成过程中都表现出保护作用,例如他汀类药物的疗效就来源于其升高HDL-C水平和降低致动脉粥样硬化脂蛋白水平[22-23]。因此本实验中 HDL-C变化趋势与TG、TC、LDL-C一致需要更深入研究阐明当机体受到致病因素侵袭时本身免疫功能增强(HDL-C升高),还是过高HDL-C水平是导致本实验AS发生的原因之一。LDL-C/HDL-C值常被用来代表致动脉粥样硬化和保护性脂蛋白平衡的重要指标,在临床上常被用来预测心脑血管疾病发生机率[24]。LDL-C升高是AS发生的一个重要因素,有很强的证据表明其水平的降低是降低心血管疾病发生和致死率重要举措之一[25-27]。和中剂量组相比,高剂量组的脂质水平、血液流变学数据与低剂量组接近,但主动脉弓形态变化却与之相反;
其原因可能是其LDL-C/HDL-C值更接近与低剂量组的值(低剂量组为0.759,中剂量组为0.506,高剂量组为0.694)和LDL-C值较高(低剂量组为1.01,中剂量组为0.90,高剂量组为1.27)。鸡血藤有很好地预防因高脂诱导的肌肉即运动功能的损害,这应该是鸡血藤即具有养血和活血药效所致。在预防AS药效中鸡血藤弱于血脂康但在预防少肌症方面药效略强这可能与鸡血藤除具活血通经作用外还具有养血功效,而血脂康善于活血祛瘀、健脾祛痰而无补气养血药效相关。

血液中一个代谢物的表达常被多个蛋白质支配主导,换句话说产生于其他器官和组织中的蛋白质会自动地补偿某个或某些异常蛋白质功能,因此本文中网络药理学被用来进一步阐述代谢组学研究的结果。此外,可以研究与AS密切相关的器官如肝、血管等代谢组学,进一步揭示和证实其作用机制。此外,通过网络药理学并通过分子对接技术验证表明研究发现luteolin、 aloe-emodin、Formononetin、vestitol、naringenin是鸡血藤作用于AS的药效物质, MAPK14、TP53、CASP3、JUN、MMP9和IL6是鸡血藤作用于AS的药效靶点。当然,这些药效物质是否存在协同作用及如何协同,是否存在更多的药效物质还需要进一步开展实验验证,从而为鸡血藤质量标准的提升、提高临床用药指导提供更为科学、可靠的依据。

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