2008年，成功举办第29届奥运后，北京提出了建设“人文北京、科技北京、绿色北京”的目标，要实现这个目标，需要我们以落实科学发展观为指导，切实提高科技解决经济社会发展中重大、难点问题的能力，使科技在和谐社会建设中发挥更大作用。为此，北京市科委提出要进一步解放思想、深化改革，贯彻“自主创新，重点跨越，支撑发展，引领未来”的科技工作方针，增强自主创新能力，落实三大科技任务。
院所改革的共赢之路
建设创新型城市，实施主题计划、落实北京市中长期科技发展规划，需要一支稳定支撑经济社会发展的科研力量和一个开放、共享、可持续发展的新型科研体系。
建设北京地区新型科研体系，目的在于通过政府政策调控和市场机制促进北京地区科技资源的优化组合，提高科研效率，更好地发挥科技对北京经济社会发展的支撑和引领作用，同时通过政府的长期稳定支持，促进科研院所更好，更快、可持续地发展。
建设北京地区新型科研体系，要点在于两个方面首先是科研方向和目标要紧紧围绕首都经济社会发展的重大需求和科技中长期规划的指向，其次是在科研的组织上要采取开放的运作机制，即以科研机构为依托，以机制创新为动力，以科研任务为纽带，充分汇聚整合国内外相关科技资源，形成社会化的科研平台，引导科研机构成为科研任务的组织者、参与者和科研平台的搭建者，建设官产学研互动、开放，共享，可持续发展的新型科研体系。
北京地区新型科研体系建设首先要立足于充分调动科技人员的创新激情和实现科技资源的有效配置这两个基本点，同时要注重面上引导推动与重点支持相结合，发挥市场在科技资源配置中的基础性作用与政府宏观调控作用相结合。
定位与前景
促进院所改革与发展，要在了解北京城市功能定位、主题计划与中长期科技发展规划、国际科技发展趋势以及院所自身优势的条件下，找准院所定位，创新科研运行管理机制，在凝聚资源做大事中提升科研院所能力。
建设新型科研体系，要围绕北京市中长期科技发展规划，以公益科研院所为突破口，在医疗卫生、农业与农村发展、环境保护、城市建设与管理，公共基础数据调研与积累、行业关键技术等领域开展科研和服务工作。
未来几年内，通过专项任务的实施，将实现北京地区以需求为导向的医疗卫生、农业与农村发展、城市建设与管理、环境保护、公共安全、政府决策科学等公共公益科研领域的科研力量布局更加科学合理，支撑、引领作用进一步提升；通过重点对重大传染病防控、重大慢性病防治、籽种产业、农产品安全，大气污染综合治理、水资源可持续利用、城市公共安全等领域院所的长期稳定支持，到“十二五”形成10家左右国内一流、国际有影响、科研特色突出。科研队伍精良。科研设施完善的品牌公益科研院所。
科技支撑重点产业领域
通过院所发展规划，切实梳理出一批北京地区经济社会发展中急需解决的重大现实问题，09年将在以下重点领域和产业实施20项左右的重点任务。
一是在医疗卫生领域，围绕十大疾病，开展心脑血管疾病、恶性肿瘤(宫颈癌、乳腺癌等)、结核等疾病的发病趋势调查和防治研究，建设临床信息库和样本库，掌握发病率、死亡率，危险因素水平及变化趋势，部分科技成果应用于实际工作中，遏制发病快速上升的趋势，提高临床诊疗规范化程度和水平，
二是在农业科研领域，围绕籽种产业的培育，加强蔬菜、果树、作物，畜禽等种质资源保存，选育研究，围绕农产品安全，在动植物病虫害及疫情防治，疫苗开发及产业化，农产品安全检测技术及平台搭建等方面开展工作，整合北京地区大型仪器设备，检测能力大幅提高；围绕农业高效生产，在现代农业装备、农产品深加工、观赏园艺，特色农业等高附加值农业领域研发和推广各类实用、先进技术。
三是在环境保护领域，开展再生水安全回用，雨洪水资源化利用，水体污染控制与治理技术研究，增加可利用水资源总量，开发、推广高效节能及可再生能源规模化利用技术；开展废弃土地的生态修复关键技术与再利用研究，形成土地资源的可持续利用模式，进行相关技术集成与工程示范；开展有效控制污染源排放和大气质量实时监控等相关技术研究，改善北京空气质量。
四是在城市建设与管理领域，加强市政基础设施与城市安全运行数据库建设，在城市安全整体防控、供水供气等领域，开展相关适用、先进技术研究与工程示范，为城市建设与管理水平的提升提供有效科技支撑。
五是在技术创新体系建设中进行探索与试点，重点围绕现代服务业、先进制造。电子信息、生物医药，新材料等产业领域，以转制院所，工程技术研究中心、重点实验室等企业研发机构及产业联盟为依托，发挥自身优势，以重点产业关键技术攻关为目标，通过市场机制，联合其他社会力量，建设一批国内一流的新型研发基地和关键技术研发服务平台，提高重点产业核心竞争力，从而实现自主创新、跨越式发展。