一 五十年代初期，在学界享有盛名的周培源教授出任北京大学教务长，没几年又担任副校长。关于周培源到底是否政治进步的问题，北大党委内部有两种意见，未能取得一致。有一些党员干部认为，周过去是旧大学中最好的教务长之一，靠近党，肯提意见；另一些干部则觉得他很主观，不听意见，不钻研，不动脑筋，有事问他没有意见，我们做了他又有意见。
在校党委工作的年轻干部张群玉举例说：上星期订完教学大纲，草拟的报告都是党员做的。周培源却说，党员早已一层层把工作布置下去，自己对情况反而漆黑一团，没法提意见。周培源甚至颇为恼怒地表示：“到底我领导你，还是你领导我？”张群玉也生气地说，周培源一有意见，我们党员就弄得非常被动（见一九五三年四月十二日北大党委《党团员干部会议纪录贯彻知识分子政策》）。
这种隔阂在北大教学事务中几乎无处不在，老少两代人动辄得咎，各不相让。强势的年轻党员干部想彻底改造旧校园的面貌，动手能力强，又带有较强的政治批判能力，带着对旧知识分子天生的敌意，自然容不得周培源按部就班、再三酌量的守成状态，时常发生冲突就在所难免。
一九五三年北大办了一个外国留学生中国语言专修班，周培源兼任班主任，助教大多是年轻的党团员。助教们心气颇高，看不上周培源的工作做派，有意忽略他的存在。他们一致认为“没有他反而更便利于工作”，因而一学期没有向他汇报过工作，连全班学生人数都没告诉过他，处理一些事情则直接找党委书记江隆基及高教部。有一次班里越级直接向高教部请求调一干部，高教部不准，把文件批回周培源处，不知情的周看后大发脾气，说：“这事为何我不知道？”
学校党委只好出面协调，肯定周培源政治上是进步的，在国际上是有影响的，要使他“有职有权”，该汇报的大问题一定汇报。没想到，助教们稍一退让，周培源的态度也有所缓和，他有意主动接触助教，碰到问题就会说：“我已看见你们的汇报了，这问题要注意，我去找谁谁谈谈。”波兰留学生文采琳不好好学习，班干部发愁如何帮助她提高成绩，周培源得知后就与班干部商量，在家中预备了茶点，特意请波兰同学来聊天，了解学习中存在的难点，再三予以鼓励。班干部事后说，周培源的谈话真的起了作用（见一九五三年五月市高校党委《北京大学贯彻团结改造知识分子政策后各系情况》）。
周培源对政治问题一直贴得很近，表态尚属积极，大都说正面性的话语。一九五四年市人代会的主旨是开展批评与自我批评，市长彭真在报告中称解决问题的态度要坚决。周培源对这种表态较为满意，认为彭真的报告“很全面”、“很得人心”，“这次会比每次代表大会都好”。谈及彭真动真格的态度，周培源颇为认同地说：“有些情况与大学很类似，大学的坏学生也要想法处理。”清华大学教授钱伟长说：“高等学校的问题也应该开会谈谈，解决解决，有同样的问题存在。”有一个细节颇有意思，钱伟长在大会发言后特意走来问好友周培源：“是不是我的话说得太重呢？”周培源忙说：“不重，不重，很好。”（见一九五四年市高校党委《大学教授对市代表大会的反映》）
一九五四年冬季，高校党组织布置马列主义哲学经典著作的学习活动，首批动员北大、清华、农大、北医四所学校五十名教授参加，作为哲学学习的试点。大势所趋之下，到会教授都表示愿意学哲学，同意采用结合本门业务来深入钻研哲学经典著作的学习方法。北大教授张青莲、李继侗有畏难情绪，提出由于自己的政治理论基础很差，初学哲学时应多请人做报告，指导自学。周培源则平淡地说，首先要弄懂哲学基本原理，然后才能进一步结合业务来学习。清华钱伟长则超出一般议论，提出政治理论学习可否算入教师工作量内的问题，迫使在座的高教部副部长曾昭抡表示，可以考虑将理论学习算入教师工作日内，不能算入工作量（见一九五四年十二月二十五日高等学校动态简报第四十三期《北大、清华、农大、北医五十名教授参加学习》）。涉及政治理论，周培源的表态永远是那么不温不火，没有过多的激动，也没有一味的消沉，只是呈现了温和性格所必然带来的日常应付状态。
二
周培源并不是始终平淡行事，他也有压不住火气、放任情绪的时候。一九五四年九月市高校党委办公室来人调查，周培源突然说了一段分量颇重的“出格”话语：“科学工作者如何发挥作用问题，至今未很好解决，几年来科学工作者虽然起了很大的作用，但是觉得发挥力量不够，英雄无用武之地，怀才不遇，心里总是很不开朗。这种感觉很普遍，觉得党没有把我们的才能肯定下来。”（见一九五四年九月十八日市高校党委办公室《高等学校重要教授反映汇报》第五号）言辞中有曲折之意，但对人的刺激还是能感觉到的，主管市委日常工作的常务书记刘仁读到此处时还特地用钢笔在文件原件上画了长段的粗线，在“党没有把我们的才能肯定下来”下又多画了一道。
一九五七年以后，北大处在****的激烈运转之中，此时尚不是中共党员的周培源插不上手。一九五八年北大干脆由两位年轻党委副书记兼任教务长、副教务长，工作直接布置到系总支、党员系主任，各系各处的工作统统由新教务长掌握，周培源形容为“一竿子插到底”，自己倒落得一个无事的清闲。有时参加会议，也只是听取党委布置工作，没有什么意见可提。有时党委书记兼副校长陆平找他商量大事，但因为不掌握第一线的材料，也说不出好坏的意见。
周培源感到党委具体工作抓得太多，分不清哪个是主次，哪个是原则问题。他跟陆平说，有时觉得党委抓多了，就抓不胜抓。陆平解释说：“党抓政策、政治思想工作，需要通过具体工作，不然不落实。”
有一次，周培源直率地问陆平到底党政如何分工，陆平说：“你应该在教学方面多讲话。”可是周培源感觉到，恰恰是在这方面往往不知道什么该讲，什么不该讲。
一九六一年七月，在讨论《高等学校工作条例》草稿时，周培源谈及领导体制的问题时说得非常直白，直接说党委常委们根本无需去钻研学术问题，不必去下什么结论。
周培源说：党委在学校是否就只抓方针、政策和思想政治工作，行政工作、教学工作可以交给行政去做，党委可以进行审查。党委如果把具体工作抓多了，势必很被动。北大党委，特别是常委确实很忙，很多问题他们花了时间钻研，但是看来有些问题不必去钻研，特别是一些学术问题，不必也不能做结论（见一九六一年七月二十一日市委大学部《周培源、傅鹰等在讨论高等学校工作条例草稿时发表的意见》）。 一九六二年二月在专门研究学校领导体制问题的会议上，周培源说话的锋芒依然锐利，单刀直入地说：“知识分子管行政就要有三权：人权、财政权、发言权，过去都剥夺了。”他细致地讲解了其间存在的问题：“人权方面，一九五八年以来相当混乱。配备教研室副主任，常常不和正主任商量。如高崇寿当理化物理教研室副主任，校委会通过了，理论物理教研室主任王竹溪还不知道。我那教研室配了两个副主任，我在校委会讨论时看了名单才知道，其中一个我就认为很不合适。”
一九五八年以来，北大党委执行严厉的教员淘汰方法，过分强调政治条件而轻视业务能力，先后以各种名目把一批业务好、政治较差的教师送出北大去外单位。周培源举例说，数学系就送走三位，对教学工作有很大的损失，就不知当时怎么决定这些事的？
一九五八年北大理科各系仓促间从五年制改为六年制，那一年周培源因出国任务多，常不在学校，陆平没有和他细谈，实在不解为何一定要改六年制。他批评说：“我怀疑是否一定要六年，这个问题校委会、教研室都没有很好谈过。”
谈及发言权，周培源只说了淡淡的两句话：“发言权方面问题大，很多人不发言。”在场领导再请他说几句，他又说：“任命几位副校长后，大家发言可能积极一些，但要知识分子畅所欲言，还需要做许多工作。”（见一九六二年二月九日大学部《情况简报》二期《北大周培源副校长对北大的领导体制和工作的一些意见》）
他建议傅鹰、魏建功、王竹溪三位新任副校长分管相关各系的教学科研工作，有意增加他们的发言权，可以深入各系摸摸情况，找老教师谈谈心，做点思想工作。学校几个处联系各系的干部，应当多与分工管该系的副校长联系挂钩。但他心里也明白，在现有领导体制下，要达到这一步各方都会勉为其难。
三
最让周培源介意的是，一九五八年以后的学术批判问题很大，界限不清。他特别强调，尤其一九六○年搞学术批判过于急躁，老教授中没有一个人赞成的。他回忆说，当时和情绪不满的黄子卿教授谈心，聊到两人都很关注的溶液理论，他希望黄教授继续把这项重要研究坚持下去，但黄子卿气呼呼地说：“你算老几？党委支持，群众要搞试剂。”周培源也由此感叹，党委号召，群众跟着走，知识分子有意见也就不提了。
为何不让黄子卿搞溶液理论，党委竭力鼓励群众搞试剂，这也是最让周培源焦虑的事情之一。他说，一九五八年北大“科学研究大跃进”是有成绩的，但搞的是设备、试剂等技术性工作，没搞多少基础理论的工作。
一九六二年二月市委大学部派人来校调查，周培源再次谈及北大科研方面的得失，指出忽视基本理论研究将造成全校实验技术水平过低的后果：“这几年在基本理论的研究方面没搞出多少成绩来，在基本理论研究中如何搞群众运动还没有成功的经验，还需要摸索。北大在基本理论研究方面一个很大的问题是实验技术水平太低，自然科学的研究就要求精密、准确，这方面要靠严格的训练，也要靠踏踏实实地多做工作。”（见一九六二年二月九日大学部《情况简报》二期《北大周培源副校长对北大的领导体制和工作的一些意见》）
实际上周培源在这个争议问题上已经屡屡报警，早在一九六一年七月，在教育部召集重点高校部分院校长、教务长和少数教授座谈全日制大学高等学校工作条例（草案）的会议上，周培源提得最多的就是基本理论研究严重削弱的现象，但他说得比较委婉，角度适宜，没有那么刺激：“几年来我们最大的收获是培养了一批能讲课的讲师，可是由于没有经过严格的科学研究训练，提高有困难，应当解放一批教师作为研究生培养。”（见一九六一年七月二十一日市委大学部《周培源、傅鹰等在讨论〈高等学校工作条例〉草稿时发表的意见》）
周培源内心里对学术批判是有很大抵触的，只是平时深藏不露，但看到身边的多年好友挨斗，斗争目标也一度触及自己的理论研究，他做不到无动于衷。一九六二年形势缓和之时，他几次恼怒地提及当年大批判令人伤心的旧事：“如对量子力学的批判就很有问题，运用了一些哲学概念，并没有能把科学问题讲清楚。对热力学的批判伤了王竹溪，当时也搞到我教的流体力学，有同学找我，硬说有的理论与实践不符，是唯心的。这个运动有些地方，做得太急躁简单，甚至粗暴。例如要唐有祺在课堂检讨十五分钟。伤了一些人，不可能一下子都解决，需要通过一些具体工作慢慢解决。”（见一九六二年二月九日大学部《情况简报》二期《北大周培源副校长对北大的领导体制和工作的一些意见》）批判量子力学居然使用哲学概念，说流体力学是唯心，让赫赫有名的教授上讲台检讨十五分钟，周培源的懊丧是很明显的。面对这种粗暴的运动方式，他只能眼睁睁地看着它裂变、疯长而至烂熟。
四
周培源是学校里有名的“空中飞人”，常年承担繁重的出国任务。中共高层看重他在世界物理学界与力学界的学术威望，因为他十几年来在湍流理论方面的成就颇让国外同行赞赏，具备在国外从事学术交流与开展和平事业的优越条件。在党内议定的范围内，他是国内科技界政治可靠、名望相当、处置得体的头几号出国人选。
出于“代表新中国的形象”这样严肃的政治托付，中共高层努力为他创造各种有利条件，迫使周培源频频地受邀出访，时间一长让他苦不堪言。据市委大学部统计，截至一九六一年七月初，那一年周培源已出国三次：一月去印度出席新原子反应堆落成典礼，历时二十五天；三月，去印度出席和平理事会，会后又转去保加利亚首都索非亚出席世界科协编辑会议，历时二十三天。而七月二十六日又得去日本出席禁止氢武器大会，估计八月底才能回来。九月还将去瑞典参加世界科协会议。最恼人的还有，每次出国前的准备工作与事后的总结汇报所花的时间还要超过在国外的时间。
他在校外兼职高达十六个，不少是虚职（如全国人大代表、全国政协常委、对外文协理事、中外友好协会理事等），有的却是实职，需要耽搁不少时间。譬如任全国政协文教组第三组召集人，需每月召开会议一次；任九三学社副**兼组织部长，每月都得到九三中央机关主持一到三次的学习会及办公会议；被选为中国科协书记处书记，平时工作不定期，但一有重要会议就得出席，如一九六一年四月内已参加过三周的全日工作会议；代表中国担任世界科协名誉秘书，也得每年出国参加会议一次，准备与回国后的汇报，前后花费时间约需一个月。 由于周培源的行政工作及社会活动过多，学校也没有给他配备一个学术助手，研究工作很难开展。让周受刺激的是，那些年苏联以概率论为工具进行湍流理论的研究，进展甚快，他对这些新成果掌握得不够多，有落伍之势。因此，一九六一年八月周培源萌生了强烈的研究冲动，正式向校党委写了报告，要求减少兼职和社会活动，从北大附中调回他原来的助手是勋刚，开始新一轮的理论研究工作。
就在此时，周培源焦急地找到校党委，说最近中国科协拟成立国际活动委员会，据闻已内定由他出面主持。周坚决表示在目前的情况下实在不能再接受，请学校党委设法阻拦（见一九六一年八月二十四日北大党委《关于适当减少周培源同志校外职务的请示报告》）。
在周培源向校党委写的正式报告中，明确要求辞去全国政协文教组第三小组召集人、《物理学报》编辑委员和力学学会党内领导小组副召集人等职务，不再接受中国科协邀请他担任的国际活动委员会委员的职务，并希望政协双周座谈会每月参加一次（现每两周一次）、参加九三学社会议每周不超过两次、中国科协书记处书记的工作每月去一次。其他外宾招待及宴会，每月参加一次。北大党委同意周的意见，并上报市委拟请帮助解决（见一九六一年八月市委大学部《周培源的专长和对他的安排使用》）。北大党委称，周培源的校外职务，均属中央或中央各主管部门所安排的，因此请市委转报中央考虑。党委预计，经过这样调整后，周的校外活动时间每周至少还需占用一天半。
中宣部接到北大党委报告后，认为对减少周培源的校外职务提得不具体，所提的多是减少活动，还不能真正彻底地解决问题，希望北大再加研究，提出其减少校外职务的具体意见。为此，北大党委再次向周培源征求意见，他在衡量之后，于一九六一年十月十五日致函校党委，要求辞去下列九个职务：政协文教组第三组召集人、九三学社组织部长、对外文协理事、中非友协理事、中国物理学会党领导小组成员、《物理学报》编辑委员、中国力学会党领导小组成员及副召集人、《力学学报》编辑委员、世界和平理事会理事（见一九六一年十月十八日北大党委《关于再次减少周培源副校长校外职务的请示报告》）。市委文教书记邓拓在报告打印件上方用红笔批道：可将报告转上述领导机关（指中宣部、统战部、国家科委党组）。
中央统战部一九六一年十月七日来函，同意北大党委提出的调整意见，即周可以辞去政协文教组第三组召集人职务；政协双周座谈会不一定每次都参加，由周自行决定；九三学社工作每周不超过两次。这只是从统战方面传来的确切消息，而中宣部、国家科委则迟迟未见回复。
周培源在兼职方面如此忙碌和辛劳，别人还以为他享尽无上的政治荣耀和良好待遇，但他多年的心力交瘁，他的难言苦衷确是外人所难以体会的，他坚辞兼职的背后蕴藏了自己道不尽的酸辛诉说。