有限合伙制度是专门针对巨大商业投资风险而设立，最早用于16、17世纪的航海事业，是私募股权投资最重要的形式。“现在有限合伙形式的私募股权投资（PE）机构大概有一万多家，说明了有限合伙制正是针对私募股权投资基金的特点而设置的组织形式。”中国政法大学终身教授江平说。
私募股权投资基金的主要组织形式有公司制、有限合伙制和信托制三种形式，其中公司制是私募基金投资的普遍形式。尽管信托对于私募股权投资基金而言也是一个很好的方式，但是《信托法》规定的只是信托的一般规律，包括资本信托、资金信托和一般的信托。虽然私募股权投资基金是投资信托的一部分，但由于与《信托法》配套的法律制度很不完善，比如说税收问题等缺乏配套的法律跟进，影响了《信托法》的实施。
2006年修改《合伙企业法》时引入了有限合伙制度，明确了无限合伙人承担管理责任，有限合伙人不承担任何管理责任，说明有限合伙的出资人和无限合伙的责任人地位并不一样。在这种情况下，承担无限责任的合伙人和承担有限责任的合伙人之间的权利、利益的平衡就非常重要。
有限合伙的诚信
在有限合伙企业里，代理成本问题具体出现在普通合伙人和有限合伙人之间。普通合伙人的地位类似于上市公司的职业经理人和密封公司中参与经营的股东的地位。需要特别强调这一类主体的诚信义务问题。在投资环境恶劣、管理制度不完善时，很容易出现诚信义务问题。
江平说：“有限合伙制特别需要诚信。承担有限责任的有限合伙人不能光出钱，他得有分红权、知情权等。”
中国人民大学商法研究所所长刘俊海认为，如何甄别在做出投资重大决策时有限合伙人在何种情况下介入管理权范围是个难题。如果有限合伙人的权利行使属于普通合伙人的管理权范围，应当承担对合伙债务的无限连带责任；但如果仅是一种建议权，有限合伙人应继续享受有限责任的待遇。
“虽然存在相关法律规定，但如何能够在承担无限责任的合伙人和承担有限责任的合伙人的权利之间达到平衡，兼顾各方利益，是一个需要探讨的问题。”江平说。
刘俊海认为，由于有限合伙人不享有普通合伙人唯一垄断的独家合伙企业事务管理权限，普通合伙人的此种权利容易被滥用，必须要有配套措施强化有限合伙人的知情权、建议权、监督权，要明确管理合伙人的诚信义务。
PE组织结构的核心是基金的管理人和投资人之间的法律关系。如果是公司型基金，就是管理层和股东之间的关系；如果是信托型基金，就是受托人和受益人之间的关系；如果是有限合伙型基金，就是无限合伙人和有限合伙人之间的法律关系。这一对法律关系是投资基金自身层面需要解决的法律问题。
国家工商行政管理总局个体私营经济司副司长刘炳荣指出，在合伙纠纷案件当中，事实认定非常复杂。主要原因是合伙纠纷里，合伙人之间执行事务时不规范，有的甚至为谋私利而作弊。另外，合伙协议是调整双方关系的主要依据，但在很多情况下都比较简单，很难判断当中的权利。
更麻烦的是，所有的纠纷案件中财务的状况都很复杂。合伙体当中的权利义务分配、清算、结算纠纷都很难做到准确判断。事实认定在很大程度上都是依靠会计师事务所的鉴定，而鉴定检材等的收集有一定困难。
刘炳荣说：“如果这种有限责任制的PE形式没有得到有效监管，或者没有道德回暖，那么还有可能发生以下几种情况。第一，非法融资。虽然规定有限合伙制只能有50个有限合伙人，但不规范运作可能会有500个人；第二，团伙集资骗局。相关规定禁止承诺给予固定的回报，但到了不规范的市场必然会发生这种情形，团伙集资骗局就会发生；第三，尼克尼森的情况。如果管理人不诚信道德就会存在风险；第四，类似于东海创投的情况还会发生。目前GP（普通合伙人）与LP（有限合伙人）之间的联系更多依靠的是协议，但现在的协议从普通合伙人的角度来看非常不完善，过于细则化不利于双方合作。”
南开大学法学院教授万国华认为，整个资本市场包括PE、场外交易市场，遵循诚信的原则没有问题。他说：“从经济学来看，资本市场是虚拟的概念，它的规则从理论上可以很灵活。换句话说，诚信原则实际是个幌子，不可能实现诚信。”
万国华建议，一定要实行反欺诈原则，这对整个资本市场的立法、执行、司法是一个大的改动。
“管理”基金管理人
在私募股权投资基金募集的整个过程中有四个主体：投资人、管理人、托管银行和被投资企业。核心是基金管理人，其在整个融资、投资和后期的过程中真正控制基金。所以对于基金管理人管理的重要性不言而喻。
四川省社会科学院副院长周友苏认为，关于基金管理人的法律规制，主要涉及两个方面的问题，一是涉及投资基金管理人的准入批准，第二个是明确基金管理人的义务。
目前现行的立法对于有限合伙人的规定比较多，并且确定一旦参与经营管理便不能再享受有限责任的利益，反之亦然。但对于普通合伙人的义务规范得却很单薄，有些问题恰恰出现在这些方面。无论从普通合伙人的义务体系、义务内容，还是违反义务的责任以及承接机制都有所欠缺。
中国人民大学法学院教授赵玉指出，基金管理人的良莠不齐是诸多问题产生的重要原因，相比较于私募股权投资基金募资和归责问题，基金管理人准入机制是第一项也是最重要的监管措施。
国家发改委调研显示，截至2011年12月，全国共有1059家私募股权投资基金出现了非法集资问题，集中表现为三方面问题：一是私募股权投资基金发起人、管理人资质混乱；二是私募股权投资基金发起人募资过程不规范；三是基金管理人责任不清，规则机制不健全。基金管理人的资格是私募股权投资基金最容易出问题的地方，也是真正需要管理的地方。对于是否有必要针对私募股权投资基金管理人做出专章安排，或者是否采用其他的替代管理方式，尚无定论。
北京大学法学院教授蒋大兴说：“在《证券投资基金法》里已经存在专章内容，而且在《公司法》、《合伙企业法》、《合同法》、《信托法》中都可以找到相应的管理依据。退一步说，即便管住了基金管理人的资格，仍然管不住市场。因为公司完全可以通过设立公司再投资的方式规避关于管理人资格的限制。” 比较《合伙企业法》中特殊的普通合伙人，以会计师事务所和律师事务所为例，可能承担无限责任人的是具体某个会计师或者律师。在有限合伙里，承担无限责任的普通合伙人应该是自然人个人，但现实中却并非如此。自然人可以先成立基金管理公司，以公司的形式代替普通合伙人的自然人身份，因此有关有限责任的实现机制很难落实到法律层面。更重要的是，一般的公司可能同时管理多只基金，投资多个公司。在这样的情况下，有限、无限责任的实现可能就更加间接。
“从现实运作来看，有限合伙制存在异化的问题，”中国政法大学商法研究所副所长李建伟说，“无限责任应该是一个非常重的责任，是一个非常重要的事后惩戒，不落实到法律层面，威慑机制就显现不出来。”
按照美国的经验，如果基金管理公司对LP重大违约或者违反信用义务，管理公司的高管以及控股股东同时也会承担相应的信用责任。日本的内部监督机制是采取董监事会，与公司的内部架构非常类似，有专门进行监督的部门。
李建伟说：“虽然《基金法》草案中采取了很多理事会的组织架构和制度，但看不到更多的内部监督机制。为了保护投资人，投资法人治理结构应该采取更多的强制性规范。”
李建伟认为，有必要对普通合伙人的诚信义务体系作出相对周详的规定。
有些必守原则，虽然在社会经济活动中得到比较好的遵守，但在内部的非涉外法律关系中并没有得到更好的遵守。如果没有一个共同的规则，即使当事人有了约束，也存在很大的风险。
“普通合伙人的诚信义务规则，不论是比照公司的控制股东，还是董事监事管理层的义务规则，将其详细地建立起来非常有必要。”李建伟说。
华东政法大学法学博士肖宇认为，对基金管理人的义务应该纳入强制性规范，即信义义务，规定基金管理人必须尽责，这个是国家管制的限度。
“事实上，有些基金管理人要求被证监会监管。如果没有证监会监管，主体地位没有得到确认，去募资会被认作是非法集资，如果有了证监会监管，就有了政府的信用保障，在募资环节顺利轻松得多。”一位业内学者说。
非法集资的担心
“基金管理人的设置门槛过低，资质要求比较低，这是需要改变的现状。我建议应该从注册资本、经营经验、实质核查等各个方面进行强化。”赵玉说。
对于私募基金管理人，根据目前国家法律设置，公司和有限合伙最低门槛是注册资本100万元人民币，3个以上拥有两年从业经验的相关人员。实际上，很多注册资金为100万元人民币的基金最后的募集规模都能够达到几亿甚至十几亿元人民币。
在整个经济形势一片大好的情况下，这样的募集规模不存在问题，一旦出现任何经济波动，其链条就不堪一击。100万元人民币注册资金的管理人无法应对上亿甚至十几亿资金的风险。所以当经济危机来临时，私募股权投资基金在整个金融市场上并没有起到维护稳定的作用。
蒋大兴认为，PE之所以如此火热，是因为公募比较困难。在一定意义上，私募是在严格公募制度下一种融资和投资的变种，严格的公募制度必然会衍生出更多的私募行为。
北京师范大学贺丹副教授认为，PE投资失败还不是最大的风险，刑事风险才是灭顶之灾。从事PE投资的合伙企业有8000多家，全国有1059家私募基金出现了非法集资，换言之，有八分之一的私募基金都会面临非法集资的刑事风险。
“虽然有注册资本的门槛，但在中国目前的国情背景下，这很容易被突破。非法集资问题难以避免，所以该管的还得管，该强制性规范的还得强制规范。”这是学界普遍的担忧。
鉴于政出多门的现状，关于合格投资者制度的标准很不统一。四川省社会科学院副院长周友苏认为，合格投资者标准应针对不同的投资者而制定，如金融机构可以不对其设定最低的投资标准，对其他投资者则应参照现行的有关做法。
当私募基金投资到证券、贵金属、艺术品、房地产等领域时，都会涉及到新法律关系的产生，比如对赌协议就是在这个过程中发生的关系。在这里，基金的投资对象需要区分两种不同形式的投资：一种是直接的实物投资，另一种是证券化的投资。贵金属、艺术品、房地产可以证券化，发改委、央行、证监会应该考虑把这种证券化的投资纳入到监管范围，但是监管的重点不应该放在投资基金如何投资。
贺丹说：“规范和界定主要的法律关系还是基金管理人和基金投资人之间的关系。公司法、信托法和有限合伙法里对于成立基金投资的方式、双方的权利义务规定得不详细，应当对公募、私募的划分标准做出细化规范。”
蒋大兴则认为目前有些管理已经过分了，退一步讲，只要有信托存在，实际上根本管不住。既然管不住又何必在法律层面深究。 中国政法大学教授李东方说：“基金管理人设立的门槛过高，尤其是实缴的注册资本不低于1亿元人民币，并且发起股东的注册资金不低于3亿元人民币。”
但如果基金管理公司门槛太低，则不能提供一个有效的、充分的担保；如果门槛过高，会非常不利于基金行业的竞争，导致发起人只能是证券公司、保险公司、银行等金融机构。这些金融机构目前不是国有控股就是外资，这就会形成这些机构对基金行业的垄断。目前，基金行业出现的种种弊端实际上都和这样的垄断有着直接的关系。但是，提高门槛和提高注册资本是不是一个好途径还值得人们深思。