在1950年那个明媚的春天里，新成立的中国科学院考古研究所开始组织新老员工每天开会集体学习社会发展史。 早在1945年，郭沫若于重庆出版他的史学大作《十批判书》时（即“文革”时期毛泽东警告郭“劝君少骂秦始皇，十批不是好文章”之《十批》），尚能对不同意见有所容忍并设法重新提出更多的证据和说明，以证实自己创造的学说之铁证如山，牢不可破。
到了1950年却又是另一番景象了。郭氏在《十批判书》改版后记中，专门写了一篇《蜥蜴的残梦》，公开向董作宾等人发难。文曰：“……以前搞田野考古的人大抵缺乏社会发展史的知识，有的人更根本不相信社会发展史的阶级划分，故他们对于这些史料不加重视，或则兢兢于古器物尺度轻重的校量，或则根据后来的历法推谱所谓‘殷历’，真可以说是捧着金饭碗讨饭了。”
此前，董作宾于1947年访学美国芝加哥大学期间写就一篇《自序》，明确反对殷代是奴隶社会的说法。其中一段说道：“殷代不是创造文字的时代，我们就不能根据甲骨文字来研究殷代的社会背境。……我们不能据字形说‘民’是刺瞎眼睛，‘臣’是俯首听命，民与臣是奴隶，殷代的臣民也就是奴隶，因而断定殷代是奴隶社会”云云。
针对董的观点，郭沫若在《残梦》一文中毫不客气批评：“董作宾却仅仅抓到一两个字，根据自己的敌忾来随便逻辑一下，便想把臣民是奴隶的本质否定了，把殷代是奴隶社会的说法否定了。这根本就不是学者的态度。就是这种非学者的态度，逼得他在今天跑到台湾去准备殉葬，这一层，我倒是能够充分理解的。”
自此，董作宾与郭沫若之间的交往与友谊彻底断绝，以后再也没有发生过联系。
1953年，董作宾编著的《殷墟文字乙编》下辑在台湾出版，该书著录甲骨文2833片，并收录了殷墟第十三次发掘著名的YH127坑的大批完整材料，学术价值极其重要。该著作传到大陆后，郭沫若如获珍宝，立即指示中国科学院考古研究所予以翻印出版，并亲自为之撰写了后记，但对编著者董作宾避而不谈。
偶尔谈到董作宾而被外界所知的一次是，郭沫若在致原中央研究院人文和社会科学组院士、时任湖南大学文学院院长杨树达信中的披露，只是口气与几年前已有了巨大变化。1953年9月23日，杨树达在日记中写道：郭沫若来书……云董某妄人，其说未可尽信。记《卜辞通纂》曾言读董氏断代研究例，拍案叫绝，今乃斥为妄人，鼎堂真妙人哉！
1966年4月14日，全国人大常委会第三十次扩大会议在京举行，身为全国人大副委员长的郭沫若，痛心疾首地检讨并宣布说：“……我以前所写的东西，严格地说，应该全部把它烧掉，没有一点价值。主要的原因是什么呢？就是没有学好毛主席思想，没有用毛主席思想来武装自己，所以，阶级观点有时候很模糊，因而，就应该全部烧掉。”
他甚至“很惭愧”地说：“事实上很多农民学毛主席著作比我们任何人学得都好，比我们这些知识分子学得好得多。我们这些知识分子，夸夸其谈的什么哲学家、史学家、什么家，简直不成家。”
郭氏这番发言，通过媒体辗转传到台湾后，再度引起了学术界震动。此时“妄人”董作宾已死，无力再作评论和摇头叹气了，而尚活在人间的李济为此提出了公开批评，认为郭“没有自信”，之所以没有自信，是由于在做学问上缺乏“自约”精神。后来李济给郭氏的为人为学做了一个总结式的评价：“郭是一个天分很高的才子，可惜就是没有……”等等。这是郭董交恶之后的事了，暂且打住。