钓鱼岛是钓鱼岛列岛的主岛，周围海域面积约为17万平方公里，相当于5个台湾岛面积，是中国领土的一部分。9月11日，日本政府宣布“购买”钓鱼岛，实施所谓“国有化”，此举激起中国各地民众的抗议。日本商品和服务遭受打击，中日贸易遇冷。
商务部新闻发言人沈丹阳9月19日表示，中日经贸合作符合双方利益，日本非法“购岛”闹剧，势必影响、损害中日经贸关系的正常发展。
钓鱼岛争议正持续影响中日经贸关系。中国南方航空公司将停飞北京到富山航线。东方航空公司也会停办上海至福岛航线。
中国外交部发言人洪磊在10月11日举行的外交部例行记者会上说：“当前中日关系面临前所未有的严峻局面，这完全是因为日本单方面采取挑衅行动造成的。当前中日经贸关系受到影响的局面完全要有日方承担责任。中方一贯主张在平等互利、相互尊重的基础上发展同世界各国的经贸关系。中方重视发展中日经贸合作。现在重要的是，日方应该拿出诚意改正错误，为两国关系的恢复和发展创造条件和环境。”
波及日本经济
今年的十一长假，原本热门的赴日游注定冷清。“仅十一前后，取消赴日团组人数就近—万人。”中国康辉旅游集团的一位负责人在接受采访时表示，该公司为纪念中日建交40周年而向日本输送五万游客的计划已中止实施，其所属全国220家公司、5500家门店停止销售日本游产品、停止组团前往日本旅游。
随着日本政府挑起的钓鱼岛事件进一步升级，中国赴日游出现大规模退团现象，旅行社总退团率逾40%左右，而日本本是中国最大的旅游目的地。
近日，日本政府对外发布的一份最新数据显示，今年8月，日本贸易赤字较今年7月扩大，这超过了早前市场分析师的预测，主要是该国在8月的出口和进口水平均出现下滑。
日本财务省发布的这份数据显示，在今年8月，日本出口总额较上年同期下滑了5.8%。早前道琼斯新闻社曾对市场分析师进行了调查，按照他们的测算，预计日本5月出口额较同比减少6.2%。数据还显示，日本8月进口下滑5.4%，这就意味着日本在8月的贸易赤字达到7541亿日元（合约962亿美元），低于上年同期7775亿日元的贸易赤字水平，但较今年7月的5174亿日元的贸易赤字有所扩大。接受调查的分析师认为，日本8月贸易赤字水平为7979亿日元。
从具体的出口情况来看，日本对华贸易出口下滑9.9%，而对美国的出口增长了10.3%。
在日本政府发布上述数据后，美元兑日元汇率出现攀升，从之前的1美元兑换78.38日元攀升至1美元兑换78.40日元。
对日本来说，中国是日本的第一大贸易伙伴，2011年中日贸易额达3449亿美元，对华出口为1614亿美元，占日本总出口额的20.6%，增长8.3%，而10年前仅占8%1日本自华进口额为1834亿美元，增长20%。中日贸易关系一旦恶化，会加重日本由海外需求疲软和国内增长动力逐渐衰落导致的经济增长放缓。
日本汽车业界可能更为沮丧。日系汽车在华销售本就面临多重竞争，如今，丰田、本田、日产等日本汽车制造商暂停了一段时间中国工厂的营运，保守估计，因此而损失2.5亿美元产出。中国是世界第一大汽车消费市场，日系车明在华销售遭遇毁灭性打击。日本媒体9月25日报道，丰田汽车将把Lexus的产量削减20%。丰田的销售减少了30%。SMBC日兴证券研究人员估算，在中国国内的日本企业一个月销售额为零，日本全部产业的销售额将下降1.5万亿日元，影响之大可见一斑。
据《经济参考报》报道，日本政府曾提出“观光立国”，把中国视为重要客源国。日本国土交通大臣表示，观光交流十分重要，要尽量努力避免（钓鱼岛）对两国旅游业的影响。截至今年7月份，中国访日旅客达95万人次，同比增加72%。
然而，目前情形已经急转而下。日本观光厅的统计显示，中国多个百人规模的访日旅行团被取消。中方也取消了参加日本旅行业协会主办的国际观光博览会计划。作为国内最大组团赴日游批发商之_，众信国旅在中日建交40周年向日本输送10000名游客的计划同样搁浅。
旅游业的产业链长，旅游低迷，对航空业影响首当其冲。全日空数据表明，目前中国和日本两地销售团队机票都有取消的情况发生，预约明显停滞，商务旅行也开始受到影响。最近三个月合计，日本销售团队票取消座位数约3800张。中国销售团队票取消座位数约15000张。日本航空数据显示，9月至11月，被取消座位数达9850，其中日本出发4600个，中国出发5250个。
而在日本市场开始低迷之际，韩国、美国、加拿大、澳大利亚、新西兰、东南亚等出境游传统热点区正在抢夺日本的缺失带来的市场。
投资合作领域受影响
钓鱼岛争端不仅导致中日关系恶化，亦影响两国商业往来。9月25日，日本共同社报道，中国一个大型国际商贸展会——在成都开幕的中国西部国际博览会已向日本企业关上了大门。共同社称，西博会的组织方已要求日本公司退出本届展会。共同社指出，西博会组织方向日本公司和当地政府发出通知，要求他们“退出本届展会并移走展品”。此前，有超过60家日本企业或当地政府报名参加了本届展会。
中日经济交流正在陆续中止和延期，原预定9月20日至22日在上海举行的由120家日本企业参展的环境技术展取消，东京商工会议所组织的日本企业视察中国企业等中小企业的交流也出现了问题。
中国发生的抗议活动已经让汽车、零售、家电、医药和消费电子等领域的日系企业放慢了在华的生产节奏。9月26日，丰田汽车、日产汽车和铃木汽车等都宣布，计划减少在中国的产量。9月26日晚间，据日本共同社报道，中国抵制日货的运动已扩大至医药、工程建筑等领域，中国天津，成都等城市已经开展对日本医药产品的抵制行为。中国也有近30家医院退还已采购的日本医药产品，或者拒绝续签采购合同。
中日两国间的航班也减少或延后，日本企业一度关闭了在华的数百个店铺和工厂，并撤回一些日籍员工。记者接触的部分外资银行内人士均认为，中日之间的摩擦对两国经济的影响更多集中于实体经济领域，“而且对实体经济领域的冲击日本要大于中国。” 近日，日本外相玄叶光一郎表示，日本在华企业以及日本经济已经受到影响。日本媒体报道，41%的日本企业感受到了与中国的摩擦影响到他们的商业计划。
今年5月，中日韩三国达成共识，同意年内启动中日韩自贸区谈判。但目前，日韩、中日关系都出现摩擦，这一谈判很可能搁浅。日本虽然可能将重点与中国的自由贸易协议转向美国牵头的自由贸易协议，但两者的意义不可替换。
据《经济参考报》报道，由日中经济协会组织、经团联会长米仓弘昌、丰田汽车公司董事长张富士夫等日本大企业领导人组成的代表团本该9月25日到中国访问，参加27日在北京举行的纪念中日邦交正常化40周年庆典，由于中日关系恶化，访问团的人数从预定的170人减少到20人，访问被推迟，中国领导人接见也没有落实。被称为日本“经济界首相”的日本经济团体联合会会长米仓弘昌表示，希望及早访华为修复日中关系而努力。
此前，由于日本经济持续低迷，银座大街失去了鼎盛时期的喧闹，是中国游客使这里重新焕发活力。但银座的商家表示，8月下旬后，中国游客开始明显减少。以前，很多中国顾客购买他们的产品，某种意义上讲，是中国顾客的支持，才使他们得以成长起来。
据大和综合研究所估算表明，中国抵制日货的运动扩大，对汽车和家电出口影响巨大，如果与汽车相关的出口停止一个月，将造成3000亿日元的损失。
金融领域影响正显现
如果说中日经济摩擦的影响目前更多集中于实体经济方面，但是如果事态久拖不决，金融领域难免受到影响。
9月下旬，市场出现投资者大量抛售日元及日本国债的状况，从而导致日元对美元大幅下挫，逼近79.00整数关口。日本央行此前公布的数据显示，截至2012年6月底，外国投资者持有的日本国债余额为82万亿日元，占日本国债总余额的比例上升至8.7%，该比例创下1997年12月有可比纪录以来的新高。其中，中国已经超越美国和英国，成为日本国债的最大海外持有国。一旦中国大量抛售日本国债，影响深远。
据了解，中国此前增持日本国债更多是出于投资的目的，而并非作为一种储备资产，相较于美国国债，日本国债价格相对较低而日元近年来一直处于升值状况，因此颇具投资价值。然而，日本央行进一步放松货币政策势必将稀释日本国债的价值，因此假若中国抛售日本国债也将是很自然的市场行为。
另外，随着中日之间贸易战的不断扩大及深化，人民币与日元之间的货币互换的需求势必大大萎缩，这对两国的金融都是一种冲击，尽管由于刚处于起步阶段而影响相对有限。鉴于中日贸易的不断扩大，6月1日，中国银行间外汇市场将完善人民币兑日元的交易方式，开展人民币兑日元直接交易。
中日贸易的摩擦进而会影响中日货币直接兑换，使人民币和日元之间的兑换需求大量减少。虽然这一层面的合作刚刚起步，但是人民币国际化的进程中，许多金融中心都在争相获得更多人民币业务，日本如果失去这一机会对其金融地位也会产生一定影响。由于中国同日本、韩国等亚洲国家的贸易量不断上升，因此各家银行也纷纷致力于推进人民币在亚洲国家的跨境贸易结算。然而，随着中日之间贸易受到越来越大的冲击，中日之间的人民币跨境贸易结算量自然出现了下降。