英文中博物馆（Museum）一词源于希腊语mouseion，意为“缪斯的居所”。缪斯为古希腊神话中的女神，最初司职歌舞、演出，后转为诗词的庇护神，进而延伸为科学和艺术的保护神，甚至和竞技体育也有一定的联系。最早建于古埃及亚历山大市的博物馆便因之得名。
公元前332年，马其顿国王亚历山大征服了埃及，开始了马其顿·希腊统治时期，并在随后的10年里建立起了地跨欧亚非的大帝国。公元前323年，亚历山大大帝突然逝世，帝国迅速崩溃，埃及这一富庶之地遂为亚历山大大帝的副将托勒密所有。
托勒密在当了18年总督之后，于公元前305年11月7日自封为国王、埃及的法老，建立了托勒密王朝，此后托勒密的后裔统治埃及达275年。托勒密王朝虽以武力开国，却附庸风雅，对文化事业抱有浓厚的兴趣。托勒密一世和二世统治期间是托勒密王朝的黄金时期，这个时期里，其都城亚历山大也成为世界上最伟大的城市和希腊科学艺术的中心，取代了雅典的地位。城中有国王修建的博物馆和藏书50万卷的图书馆，被称作公元前3世纪世界的“文学之都”。
亚历山大博物馆由托勒密一世和二世相继修造于其皇宫附近，约于公元前280年建成。现今保存最完好的关于博物馆的描述是古希腊历史学家、地理学家斯特拉博的记载。他称，该博物馆由非常庞大的建筑群和花园组成，存放绘画书稿的储藏室和宴会厅间有柱廊相连。
该博物馆由多个学院组成，每个学院由一名首席教士负责。博物馆仿效雅典哲学学校，全部由政府投资与管理。聘任学者的工资开始由埃及国王继而由罗马皇帝支付。著名的亚历山大图书馆仅为博物馆的一个组成部分。这种由研究机构、图书馆和学院组成的联合体与现代严格意义上的博物馆有一定的区别。
公元270年，博物馆建筑被帕拉米亚的女王基诺比亚破坏，然而这种教育和研究机构的作用仍持续到5世纪。