六月末的一天，当导演Tony Gilroy刚结束了在Deluxe Company 3工作室的数字合成工作，准备赶往下一站Todd-AO工作室做混音合成时，他还不忘与摄影指导Robert Elswit及调色师Stefan Sonnenfeld再次确认镜头，他害怕演员脸部皮肤的颜色会因为特写镜头近距离的拍摄而过于饱和。
《伯恩的遗产》的草创阶段，整个团队面临的第一个难题就是如何天衣无缝的维系《谍影重重》系列的故事。第4部在剧情安排上的巧妙之处就在于，它把前三部关于伯恩身份之谜的故事，都当成了一个更大阴谋的一小部分背景介绍。《伯恩的遗产》引入了一个新的角色：Aaron Cross他是整个阴谋集团存在的证据，而这个集团的揭晓也正是《谍影重重3：最后通牒》结尾的高潮。当神秘的政府组织在清除所有的证据时，同时也要铲除一切与之相关的证据，而克劳斯以及另一名女科学家Marta正是下一个目标。
前三部的《谍影重重》建立了一套独特的狂热的动作片“语言”，而《伯恩的遗产》的团队必须先要确定要在多大程度上沿袭这套动作“语言”。导演Gilroy承认“我们必须非常清醒的认识到这一点，而且随着开拍日期临近，这个压力越来越大。”他还说，就在开拍的前10天，他把所有的团队召集到一起，连着看了前面几部电影，扪心自问够不够胆拍摄下一部。而最后的结论是，“既然我们拓宽了整个故事，那么我们就更有责任把拍摄风格也延伸得更宽广，”Gilroy如是说。
Elswit觉得前几部影片的团队建立了一套视觉风格，它“已经成为了现代动作片的名片”。“他们使用纪录片风格的手持拍摄技术，已经成为了这类动作片的经典教科书。”他说。
Baz Idoine是影片的第一机位的摄影指导，他同时也参与到了第二机位团队的拍摄工作，同时还是纽约街景补拍场景的负责人，他形容整个拍摄的器材“就是摄像设备的百科全书，包括了全部吊臂、车载摄像台、车载移动吊臂、斯坦尼康和手持摄影机。同时还包括我们昵称为‘橄榄球’的拍摄套材，专门用来拍摄动作戏的小型、轻型摄影机。”
简单来说，‘橄榄球’就是Arri 235摄影机去掉眼罩取景器，”Idoine接着说，“我们增加了一个小型监视器和轻型镜头。另外，在摄影机的顶部还特别安装了把手，以方便操机员做大幅度、激烈的摇推镜头，用来拍摄激烈的动作戏。用起来非常得心应手。”
而电影本事呢的情节也为动作戏的拍摄提供了很大空间，于是团队引入了Go Mobile移动拍摄平台和Grip Trix手推摄影台。“第二机位团队使用Go Mobile平台在菲律宾拍摄了很多镜头，”操机员Andrew Rowlands解释说，“我们直接在上面装了一个吊臂，还有吊臂操作员也在上面。在纽约时，我们则使用Grip Trix手推摄影台，因为狭窄的街道更适合人在上面手持拍摄或者使用斯坦尼康。”
电影中最大的一个动作片场景发生在Shearing的家中。由政府派出的秘密清除特工的任务是杀死所有参与计划的科学家，但他们发现克劳斯一直在保护科学家。根据剧情，谢尔芸的家应该在弗吉尼亚州的郊外，但剧组选择了在纽约上东区的一所有历史感的房子中拍摄。“我们发现了一座非常棒的19世纪老住宅，我们打算在这里拍摄这个12-14分钟的打斗、破坏桥段，”导演解释说，“但是，这所房子由一个受雇于当地历史基金会的建筑师负责保护，他没有答应剧组的请求。当时拍摄日期临近，我们一筹莫展。
这就是为什么你总希望身边有各种杰出的电影人，” Gilroy说，“我们想尽办法，最终在长岛的考夫曼（Kaufman）工作室找到了足够的空间，自己按照房子的内景重新建造了一个房子。道具师几乎是照搬了老房子的内部装饰，只做了很少几处修改，以方便我我们拍摄时不会碍手碍脚。这一通折腾是值得的，最终拍摄的结果好极了。”
当打斗场景发展到高潮时，克劳斯需要从房顶的一个天井跳下去，以躲避后面追击的子弹，在他身边全是同时落下的玻璃碎片。日景照明小组为了突出玻璃碎片的效果，用柔光箱从上面打光，而摄影小组为了跟上快速动作，则使用Grip Trix手推摄影台来跟踪拍摄。“我们必须推着摄影机跟上杰瑞米的移动速度，”操机员Rowlands说，“为了能够如此快速的移动，摄影小组沿着楼顶的外沿建了一条轨道，这样我们就能在楼顶最外面从楼的一端快速扫到另一端。我操作摄像机，而吉尼斯和昆克尔则负责轨道上的推车，他们一个负责打方向，一个负责加速。无论是用斯坦尼康还是手持拍摄，我都得完全信任这两个伙计。”
另一个主要的场景是在纽约时报的印刷大厦里，这是在皇后区拍摄的。整个拍摄的场所就是以一个制药厂的厂房作为背景。在这场戏中，杰瑞米和瑞秋演的角色要逃离这个工厂。
影片的主要拍摄场地早就超越了纽约，主要的拍摄地包含了菲律宾的马尼拉、加拿大的亚伯达、还有一些是在韩国拍摄。影片制作的时间表、预算以及后勤都要求摄影指导Elswit在三个地方分别选择制片主任，这在一般影片中是不多见的。
“我们在马尼拉需要很多设备，而且第一拍摄组和第二拍摄组的设备是分开的，拍摄屋顶的戏时，需要大量的电线，”Elswit解释说，“这样在地面安排一个人来传送所有的设备，并保证它们随时准备就绪就极为重要。我在2011年底时在马尼拉做过几次踩点，然后就去纽约拍摄了，留下当时和我一起踩点的Cory，在2012年1月时做所有的前期准备。这样我纽约的工作刚一结束，就可以开始在马尼拉进行预拍和进入工作状态了。”
Geryak说在马尼拉面临的最大挑战就是看似简单的“协调设备的运输”。“我们尽最大可能一次性就运来足够照亮两条街道的装备，然后就马不停蹄地把它们再运到下一个地点。我们只有两三个装备集装箱，而且我们为了拍摄还专门订做了一个巨大的吊臂，因此我们就得详细的计划好拍摄和运输计划。我们每天结束当天的拍摄，就得把器材打好包，连夜运到城市的另一侧，除此之外我们别无选择。因此我们一开始就尽量把所有设备制作成简易折叠的结构，方便打包运输。”