一 1911年10月10日晚，湖北新军工程第八营的革命党人以武力夺取位于中和门附近的楚望台军械所，从而打响了武昌起义的第一枪。紧接着，驻守武昌城外的辎重队、炮兵营、工程队的革命党人也以举火为号，发动武装起义，武昌遂落入革命党人手中。汉阳、汉口的革命党人稍后亦闻风而动，分别于10月11日夜、10月12日光复汉阳和汉口。起义军掌控武汉三镇后，湖北军政府宣告成立，黎元洪被推举为都督，改国号为中华民国，并号召各省民众起义响应，在全国燃起燎原烈火。
然而，随着湖南、江西、陕西、山西、云南的相继“独立”，在这一历史性的关键时刻，曾经出过洋见过世面的福建水陆提督孙道仁却落伍了。他虽然内心里清楚清王朝气数已尽，但在行动上却犹豫不决。因为，作为清廷宠儿、福建军界核心人物，孙道仁世受皇恩，内心里对清王朝并没有排斥感，并且，由于受儒家思想影响极深，他对所谓的名节更是十分重视。在这诸多因素影响下，尽管其下属许崇智（时任第二十协统领，10月30日于桥南公益社宣誓加入同盟会，他一度动员了新军第十镇所有中上级军官集体加入同盟会）多次进言，但“孙氏优柔寡断，是个官僚式军人，既不敢反叛满清，又不敢反对革命，始终无所表示”。后来，革命党人又请颇有声望的英商乾记洋行买办蔡展庞对孙道仁进行游说，仍无果而终。
此时福州革命形势已相当紧张。湘籍同盟会员彭寿松（湘军名将之后，曾任省城保甲局总办）利用湘军和哥老会的旧关系，很早便建立了“军警特别同盟会，在新军和巡警士兵以及中下级军官中动员进步分子加盟。”据事后统计，当时在彭寿松的积极活动下，驻防省城的第十镇第十九、二十两标新军和巡警道所属警察多达万余人加入了军警特别同盟会，福建辛亥革命已呼之欲出。更有甚者，在谭延闿任湖南都督后，他还发一封电报给孙道仁，警告他：“湘人以公再不回首，当庐尔居，墟而祖墓。”“在省内外形势发展急剧变化情况下，经过反复酌定”，孙道仁最终决定听信革命党人劝导，牺牲一姓的私忠，服从国民的公意。
据邱荣洲在《辛亥革命福建省军政府都督孙道仁评介》一文中记载，1911年11月5日晚上，同盟会同志在泛船浦港头江间的一艘夹板船举行谈判。在座的有孙道仁、许崇智、彭寿松、刘通、林斯琛、黄光弼和各帮会首脑诸人，孙道仁在会上郑重表示，“大势如此，只得顺从”。“孙在这次会上宣誓加入同盟会。他要求发给二千万银元作为军饷，当时财力不足，同意先付五万元”。这次会议选举彭寿松为同盟会福建支部长，“最后作了起义前的军事部署，由许崇智任临时总指挥”，孙道仁为都督，设司令部于花巷，定农历九月二十二日为举义之期。
当时立宪派控制的咨议局认为起义在即，企图抢先行动，攫取政权。7日下午，福建咨议局开会，经副议长刘崇佑提议，一致决议：所有福建之政务，此后由新政府施行。8日，咨议局照会闽浙总督松寿，要其交出权力，并缴出旗兵的枪械弹药。当时，满洲八旗驻防福州的兵力共2500余人，其中有千人装备德国造毛瑟枪，兵力对比上稍占优势，松寿遂顽固地反对交权，命令所部整顿备战，预定次日直扑桥南社，消灭革命力量的首脑。在其授意下，将军朴寿命令旗营以外大街小巷设置栅栏，“旗兵分散把守城门，凡十三岁以上、五十岁以下的男子全部被编进八旗巡防营训练射击，妇女则每人发给一把刀，迎战革命军。为了坚定旗民血战到底的决心，朴寿甚至令旗营各户准备煤油，以备危急之时集体自焚，要与城内汉人同归于尽”。同时，在幕僚建议下，朴寿还密令旗兵佐领文楷在满人中组织五百人的“杀汉队”，以孙道仁为头号目标，妄图制造恐怖气氛，在气势上压倒革命党人。
面对这种情况，同盟会总机关和起义军司令部紧急决定于当晚发动起义，以武力消灭顽抗的敌人。11月8日早晨，福州同盟会总部正式发出起义通知，决定从9时起福州全城戒严，以“子女”两字为口令，发给各队队员臂章一面，上书“公权”二字。稍后福建提督、新军第十镇统制孙道仁又发出密令：许崇智为前敌总指挥，彭寿松为先锋队和差遣队指挥，于当晚向于山发起总攻；洋枪队由刘通等率领，保护领事馆区和外侨，并占领银元局、厘税局。当日晚上，许崇智率队进入于山。
二
于山位于福州中心制高点，它居高临下，便于侦察敌军行动，“大炮可以打到敌人的每一个据点，尤其是便于炮打敌军的司令部将军署”。为鼓舞士气，许崇智还号召大家立下军令状，将个人生死置之度外，跟随他赴于山作战。孙道仁、彭寿松、黄展云等人也随许崇智上于山前线指挥部。进入于山后，起义军5000余人与福州将军朴寿所部八旗捷胜两营2500人，成对峙状态。但起义军兵力强、地势利，革命形势已较为明朗。
9日拂晓5时，号炮鸣响，起义军开始进攻。当时，福州旗营大多数人主张和平解决，以不流血为上策，然将军朴寿却一味主战。起义军炮兵遂集中火力轰击福州将军署，满人死伤颇多。为加快革命进展步伐，起义军还使人劝说松寿，希望其能率领驻防营投降，然可怜的松寿大总督到最后一刻还是相信孙统制世受国恩，不会反叛，竟痛斥来者，决心与革命军决一死战。然毕竟实力相差悬殊，战至中午11时半，清军已势不能支，士无斗志，在城上竖起白布降旗，上书：“将军出走，停战议和。”起义军怕他们诈降，置之不理，继续炮击。
下午2时，清军又在于山天君殿前门的标杆上，挂一面白布阵旗，上书：“请求停火，愿将全部缴械乞降。”眼见大势已去，怀着对大清王朝的愚忠，闽浙总督松寿遂于福州督署后门的盐道前高开榜画像店吞叶子金自尽。（另一种说法，松寿是服了毒药，走到府前街裱画店门前，毒发而死。）将军朴寿也于城破之前化装成挑粪的农民往福州郊外跑，中途被革命军抓获，押往前敌指挥部，最终在革命军士兵的强烈要求下被处决，尸体被放在棺材里送还家属。
眼见起义取得胜利，11月11日，彭寿松遂集合同志，于总督衙召开会议，议定成立军政府，并推举孙道仁为都督，酝酿组织参事委员会，掌管民政。两天后，都督就职典礼举行，郑祖荫代表同盟会授予孙道仁“中华军政府闽都督之印”。孙道仁接印，张贴就职告示。参事委员会稍后改为政务院，彭寿松为院长，郑祖荫、林斯琛为副院长，许崇智为第1师师长，原咨议局议长高登鲤任民政部部长，副议长刘崇佑任次长，另一名副议长陈之麟任财政部部长，秘书长林长民任外交部长。 福建光复后，日本帝国主义乘革命政权尚未巩固，竟然在厦门唆使台湾浪人杀一日人，并以此为借口派遣海军陆战队登陆，向厦门军政府提出无理要求，企图强占厦门。厦门军政府分府都督张海珊据理力争无效，便接连致电孙道仁，要求迅派外交人员到厦协助。孙道仁闻听此事后，“以次子克修在福建管理盐务为时很久，驻闽各国领事对他也颇推重，因此即派克修带一标队伍前往厦门”。
孙克修一到厦门，“立即宣布水陆各要塞实行戒严，一面根据国际法向日方严正交涉，一面联系驻厦各国领事出面调停，最终迫使日方表示道歉，并撤回海军陆战队”。有学者曾如此说道：“福州光复，（都督孙道仁，笔者注）对外侨保护甚为周到，驻闽外国领事团分别向本国政府报告，得到训令，承认福建军政府和中华民国。此时南京中央临时政府尚未得到外国普遍承认，而闽军政府却先已得到了外国承认，此为辛亥革命后一特例。”
不久袁世凯窃取革命果实，卸职后的孙中山于1912年4月20日中午乘“泰顺号”轮南下福州视察，并由此留下了中国近现代史上的一段著名佳话。当时“泰顺号”轮停泊马尾，孙道仁前来迎接，请孙中山换乘甲板船登岸。不意孙中山发现聚集一起欢迎他的许多小船大都悬挂着纸旗和布条，上书“万岁”。孙中山甚为不悦，遂对孙道仁说道：“万岁一词，是封建帝王要臣民这样称呼他的，我们为了反抗这个‘万岁’，许多革命同志抛头颅、洒热血。如果我接受这个称呼，对得起先烈吗？”孙道仁见孙中山细心如此，连忙叫随行人员把那些纸旗都改为“欢迎孙中山先生”。这样孙中山才走出舱门，换乘“甲板”船到达南台岛。
7月，袁世凯正式任命孙道仁为福建都督，旋又授其陆军中将加上将衔。而此时福建都督府内彭寿松已因权力问题与孙道仁、许崇智发生矛盾，“彭没有军队，便组织卫队两营，由儿子统领。其侄彭荫祥要胁都督府授予延建邵道尹职务，下属三府均由亲信担任，割据一方”。为了制止舆论的反对，他还指使其部下刺杀了同盟会员蒋筠、黄家宸。彭寿松所为激起民愤，一时间舆论大哗，正谋划将北洋势力伸入南方的袁世凯连叹机不可失，当即派福建镇抚使岑春煊到福州，查处福建政务院院长彭寿松与都督府民政科科长蒋子尊之争。不久，袁世凯下令撤去彭寿松原兼各职，听候查办，孙道仁遂实掌福建军政大权，显赫一时。
三
稍后，国民党代理理事长、同盟会总务部主任干事的宋教仁在上海沪宁车站遇刺，江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚三人因反对袁世凯未经国会批准擅自向英、法、德、日、俄五国银行团签订借款合约又被袁世凯免职，李烈钧遂在孙中山指示下，正式宣布江西独立，率先竖起讨袁大旗，轰轰烈烈的二次革命由此爆发。
然当“许崇智受了孙中山之命，一再请孙通电反袁，宣布福建独立”时，孙道仁态度依旧骑墙暧昧。在许崇智的“二次”游说之下，孙道仁迫不得已，才于7月19日和许崇智联名通电，宣布福建独立。然“许崇智虽促使孙道仁宣布独立，但孙道仁对要求出兵北伐之事只是口头敷衍，行动上不予支持。因军饷无着，故福建虽宣布独立，而讨袁军却从未出省”。
由于革命党没有兵权，没有发动广大人民群众参加，仓促上阵的讨袁军又缺乏战略协同，在袁世凯北洋军阀的血腥镇压下，轰轰烈烈的“二次革命”逐渐走向失败。在此形势下，孙道仁以被迫为由于8月9日宣布取消独立。14日，忐忑不安的孙道仁又致电袁世凯总统、国务院、参众两院及各部总长，报告福建取消独立及一切复旧经过，并向袁请罪。19日，国务院总理熊希龄密电福建都督府，指责福建“民报”、“群报”、“共和报”为“乱党机关报”，“确系有意煽乱”，着将三报“即日封禁”，“并将主笔苏郁文、黄光弼、陈群等严拿务获”，电中并令逮捕积极赞助福建独立讨袁之“桥南社”主要成员“林斯琛、郑祖荫、彭荫祥、黄展云、刘通等人”，并“尽法惩治，毋任漏网，并将乱党机关部及国民党克日查明封禁”。孙道仁接电后，立即会同护理民政长江畲经分别封禁报纸、查拿乱党。次日晚，“民报”等三报馆先后被封闭，28日，祝茂郊、黄展云、陈群三人亦被逮捕。
而即便孙道仁如此，由于其并非北洋嫡系，仍被袁世凯作为怀疑对象而受审查。稍后，虽有“都督孙道仁素明大义，倾向中央……冒道仁之名，妄称独立”的结语，但袁世凯却要求其“迅乎乱事，重悬尝格，将许崇智及其余党严拿惩办，以申法纪”，“仍责成都督维持地方秩序、勿稍疏忽”。不过，此时的福建军政府由于地方官员争功夺权，士兵天天闹饷，袁世凯又不时来电迫其追查独立的主从人物，孙道仁已焦头烂额，并最终忍痛辞去都督职位。
孙道仁此举正合袁世凯心意，他刚一辞职，袁世凯便于11月派李原基带一旅之众，进驻福建。该旅驻守福州后，“派重兵严守各城门，将孙之所部湘军解散，悉数退伍，押送马江上船”，让孙道仁甚为伤感。据记载，此时的“道仁在袁未派刘、李入闽之前，为要探袁对其态度如何，曾去电北京，请袁拨助军饷。电去十余日，才得袁之复电，准予汇助五万元，以济军需。孙获电后，喜之欲狂，以为袁对其尚垂青眼”，仍对袁世凯抱有幻想。12月5日，袁世凯令准福建都督孙道仁“电请来京面陈事件”，孙道仁兴奋地以为转运的时机来到了，但出乎其意料之外，他到京后即被留京任用，形同软禁。几年后，袁世凯才发布大总统令：“二年政变，初起不能预防，临时复受迫胁，至通电一节，虽属意在弭乱，究系迹近嫌疑，自宜按律议惩，以伸法纪。兹据陆军部称：察核情节实有不得已之苦衷，且念其于改革之初，保卫全闽，前劳具在，即此次所用各款，亦尚无浮冒实情。孙道仁应准免议，以示宽大。此令。”此后，“以从军日久”，孙道仁获准回籍修墓。
1916年，回原籍的孙道仁还与姚生范等人合资开采铅矿和雄黄矿，以求实业救国。是年6月，袁世凯病死，黎元洪继任大总统，孙道仁随即在其关怀下出任总统府高等顾问。不久，黎元洪下台，孙亦随之去职。1922年，黎元洪复任总统，孙道仁又被特任为永威将军，前往甘肃、新疆查禁鸦片。次年黎元洪再次被迫退位，孙道仁失去靠山，这一次只能告老回籍。据记载，晚年的孙道仁侨居厦门市鼓浪屿，曾一度出任福建省政府高等顾问，直至1932年因病去世。